Еще в начале октября 1861 года, возвратившись из Ливадии, император Александр II поинтересовался, как идут дела по выработке законов о судоустройстве и судопроизводстве. 23 октября 1861 года по докладу государственного секретаря Владимира Петровича Буткова он утвердил указ «Основные положения преобразования судебной части в России», который определял последовательность разработки и рассмотрения документов судебной реформы. В первую очередь предстояло изложить в общих чертах главные начала судоустройства и судопроизводства. После этого намечалось подготовить и сами Судебные уставы. Работа проводилась Государственной канцелярией с участием лучших юристов страны: В. П. Буткова, С. И. Зарудного, Н. И. Стояновского, Д. А. Ровинского, Н. А. Буцковского, К. П. Победоносцева и других.
В декабре 1863 года Бутков официально направил Д. Н. Замятнину проекты Судебных уставов. В соответствии с высочайшим повелением, министерство должно было представить все имеющиеся замечания по проектам в Государственный совет. Со своей стороны Замятнин получил согласие императора на то, чтобы направить в Государственный совет как письменные, так и устные замечания, чтобы все материалы поступили также на заключение обер-прокуроров и Сенаторов, как «лиц, обладающих обширными юридическими познаниями и практическою в судебных делах опытностью», и, наконец, чтобы его товарищ Стояновский присутствовал на всех заседаниях Государственного совета и имел право «представлять свои объяснения по проектам».
Д. Н. Замятнин близко к сердцу принял дело великой реформы. Вот что писал по этому поводу А. Ф. Кони: «Когда повеяло новым духом и вокруг Замятнина заговорили о необходимости реформы, он чуткой совестью почувствовал и здравым умом ясно представил себе, в чем должна состоять его задача, и, несмотря на влиятельные предостережения из среды «умеренности и аккуратности», решительно склонился в сторону смелого проведения в наш суд широких и новых начал… По трудным и новым вопросам реформы он прямодушно пользовался советами и указаниями счастливо сгруппированных им около себя честных и знающих подчиненных и сотрудников. Далекий от ложного самолюбия и не боясь уронить свое официальное достоинство, он, действуя таким образом, давал своим противникам повод злобно заявлять, что он «дает себя начинять департаментским либералам». В этом умалении своего министерского «я», в готовности участия, как надо служить делу, благому значению которого веришь, состоит высокая заслуга Замятнина пред выработкою основоположений русского правосудия».