Третий министр «по Судебным уставам», по мнению современников, был «законником в полном смысле слова». Принимая высокий пост, он заявил, что «если для всех граждан, то для министра юстиции в особенности, закон, пока он существует и не отменен, должен быть свят». Эти слова он потом повторял много раз, и они стали его своеобразным девизом. Поэтому к Набокову не часто решались обращаться за протекцией или ходатайствовать о каком-либо исключительном порядке решения уголовного или гражданского дела.
Начавшиеся с большим размахом судебные преобразования в Российской империи теперь несколько застопорились из-за серьезных финансовых затруднений. Работы по введению Судебных уставов были фактически приостановлены. В 1879 году мировые суды получили право гражданства дополнительно лишь в 3 губерниях: Уфимской, Оренбургской и Астраханской. Тогда же были преобразованы суды и на присоединенной к России территории Бессарабии, а также в областях Батумской и Карсской.
После этого Набоков внес в Государственный совет «представление» об открытии в 1880 году новых судов в Киевской, Подольской и Волынской губерниях, которые должны были составить округ Киевской судебной палаты. Это предложение Советом было одобрено и утверждено императором 11 декабря 1879 года. Затем он приступил к проведению судебных преобразований в Западном крае. В 1883 году был открыт округ Виленской судебной палаты. 26 апреля 1883 года именным высочайшим указом о преобразовании управления Кавказского края на министерство юстиции было возложено руководство и этой судебной частью. Ранее суды, как и другие учреждения, подчинялись непосредственно наместнику Кавказа. Тифлисская судебная палата была открыта еще в 1867 году, однако все работы по введению Судебных уставов осуществляло до последнего времени Главное управление наместника Кавказа.
Д. Н. Набоков считал, что проводить судебную реформу в Сибири, Степных областях и Туркестанском крае преждевременно, так как там «слишком разноплеменное и редкое население», находящееся к тому же на «весьма низкой степени культуры». Однако и оставлять все по-старому было нельзя. Поэтому Министерство юстиции приступило к последовательному изменению судоустройства и судопроизводства первоначально в Тобольской и Томской губерниях и Приамурском крае. Большое внимание при этом уделялось организации прокурорского надзора, который призван был обеспечить соблюдение законов всеми судебными установлениями и полицией.
Дмитрий Николаевич Набоков внимательно относился к лицам судебного ведомства и их нуждам. Он «трогательно гордился», когда встречался с талантливыми судьями и прокурорами, охотно прислушивался к их мнению по самым сложным вопросам юриспруденции. При необходимости он не останавливался перед «опасением неизбежных личных неприятностей», если считал, что это принесет пользу судебному делу. Он мог безбоязненно заступиться и защитить оклеветанного судебного работника. Со своими подчиненными он был неизменно доброжелателен, хотя и любил, что называется, «напускную суровость».