Как министр юстиции и генерал-прокурор Д. Н. Набоков, конечно, не оставался в стороне от борьбы с разраставшимся и принимавшим все более жесткие формы революционным движением, хотя первые роли здесь играли уже другие лица. 9 августа 1878 года, в связи с убийством шефа жандармов Н. В. Мезенцева, по докладу министра внутренних дел Л. С. Макова и исправлявшего должность шефа жандармов Н. Д. Селиверстова, был принят закон «О временном подчинении дел о государственных преступлениях и о некоторых преступлениях против должностных лиц ведению военного суда, установленному для военного времени». В своем докладе императору они писали: «Зло растет ежечасно. суд уже не властен остановить разнузданные страсти… Нужны меры чрезвычайные».
Так в мирное время началась активная военизация судебно-карательной системы. По закону 9 августа 1878 года в ведение военных и военно-полевых судов передавались дела о государственных преступлениях, сопряженных «с вооруженным сопротивлением власти», а также «преступления, связанные с нападением на чинов войска и полиции, коль скоро нападения эти сопровождались убийством, нанесением ран, увечий и тяжких побоев».
2 апреля 1879 года отставным коллежским секретарем А. К. Соловьевым было совершено покушение на жизнь императора. В связи с этим была образована следственная комиссия, которую возглавил Сенатор С. И. Леонидов. Следствие было закончено быстро. Для рассмотрения дела по высочайшему указу был образован Верховный уголовный суд. Заседание суда открылось 25 мая 1879 года в 11 часов 10 минут. Председательствовал на нем князь С. Н. Урусов, бывший тогда руководителем департамента законов Государственного совета. В состав суда входили члены Государственного совета действительные тайные советники А. А. Абаза, Д. Н. Замятнин, И. Д. Делянов, первоприсутствующие Правительствующего сената В. Г. Черноглазов и М. Е. Ковалевский. Обязанности секретаря выполнял статс-секретарь Государственного совета И. И. Шамшин. Обвинение поддерживал министр юстиции и генерал-прокурор Д. Н. Набоков. Защиту А. К. Соловьева осуществлял выделенный судом адвокат А. Н. Турчанинов. Верховный уголовный суд лишил А. К. Соловьева всех прав состояния и приговорил его к смертной казни через повешение. В окончательном виде приговор был оглашен 26 мая 1879 года. Через день, 28 мая 1879 года, в 10 часов утра, на Семеновском плацу, приговор был приведен в исполнение.
12 февраля 1880 года, спустя несколько дней после очередного покушения на императора — взрыва в Зимнем дворце, правительство образовало верховную распорядительную комиссию по охране государственного порядка и общественного спокойствия. В нее вошли 10 высших сановников империи. Главным начальником комиссии был поставлен граф М. Т. Лорис-Меликов, фактически наделенный полномочиями диктатора. Он развернул активную работу. За 14 месяцев, когда он руководил комиссией и Министерством внутренних дел, было организовано 32 судебных процесса с вынесением 18 смертных приговоров. Многие причастные к революционной деятельности лица высылались административно. При этом не соблюдались никакие законы.