Обстановка в стране с каждым днем все более накалялась. В таких условиях даже приближенные к императору лица стали поговаривать о конституции, как единственном средстве против революционной стихии. Особенно часто такие разговоры возникали среди интеллигенции, в различных литературных кружках и, в частности, среди людей, собиравшихся у известного в Петербурге издателя и книгопродавца Вольфа, куда часто заглядывали министры и сановники. Обращались с таким вопросом и к Д. Н. Набокову. Последний всегда резко возражал: «Те, которые так думают, заблуждаются; революционерам даже конституции было бы мало: они стремятся к анархии». Набоков видел конституцию, как результат некоего великого и добровольного жеста монарха, нечто вроде того, что император сделал при введении Судебных уставов. По его мнению, это должен быть дарованный монархом «государственный акт», а не какая-то уступка, сделанная под давлением «горсти преступников».
Для смягчения обстановки граф Лорис-Меликов 28 февраля 1881 года представил императору Александру II свой проект реформ. По нему при Государственном совете предполагалось образовать в качестве совещательного органа комиссию из чиновников и выборных «от общества». 1 марта, за несколько часов до своей гибели, Александр II одобрил эти предложения и назначил заседание Совета Министров для их рассмотрения на 4 марта. События, происшедшие после убийства императора Александра II, начавшаяся реакция сразу же положили конец всем рассуждениям о конституции. В Манифесте, составленном Победоносцевым, подчеркивалась незыблемость самодержавия. Наступила пора какого-то всеобщего уныния, молчания, страха. Набоков, вопреки ожиданиям некоторых близких к императору лиц, сохранил за собой портфель министра юстиции. Он активно занимался подготовкой и проведением процесса над участниками цареубийства А. И. Желябовым, С. Л. Перовской, Т. М. Михайловым, Н. И. Кибальчичем, Н. И. Рысаковым и Г. М. Гельфман. При слушании дела Д. Н. Набоков, под влиянием двора, оказывал давление на председателя Особого присутствия Э. Я. Фукса, вызывал его к себе, давал указания и т. п. Он поручил поддержать обвинение молодому талантливому прокурору Н. В. Муравьеву, который впоследствии стал министром юстиции.
Деятельность Д. Н. Набокова по руководству судебными и прокурорскими органами не вполне удовлетворяла власти, и 6 ноября 1885 года он был освобожден от должности министра юстиции и генерал-прокурора. Публицист и редактор «Русского вестника» М. Н. Катков, известный своими реакционными взглядами, имея в виду отставку Набокова, сказал как-то Александру III: «Хорошие министры не даются Вашему Величеству». На это император ответил: «Вот это верно».