После этих его слов братия стала умолять его, чтобы он пребывал до конца жизни своей с ними, но он отказал им по нескольким причинам. Главным образом он желал избежать тех почестей, которые в Египте воздавались телам людей, которых память почиталась.
После посещения монастыря он вернулся к своему обычному уединению, где в скором времени заболел. Он призвал тогда двух отшельников, последние пятнадцать лет служивших ему вследствие его старости, и сказал им: «Наконец, дорогие дети, настает час, когда, по выражению Писания, я вступаю на путь моих отцов. Чувствую, что Господь призывает меня. Сердце мое пылает желанием соединиться с Ним в Небе, а вас, возлюбленные мои, вас я заклинаю, не теряйте ослаблением подвигов плод трудов, которым вы так давно предаетесь. Внушайте себе ежедневно, что вы только что приступаете к духовному деланию, и тогда доброе изволение будет в вас ежедневно расти. Вы знаете, какое коварство употребляют демоны, чтобы нас погубить. Вы были свидетелями их ярости и в то же время их слабости. Неизменно любите Иисуса Христа, всецело Ему доверьтесь — и вы восторжествуете над их лукавством. Не забывайте никогда различных наставлений, которые вам давал я, но особенно помните, что всякий день вы можете умереть».
Он убеждал их, как и других отшельников, избегать еретиков. Затем дал им завет — не переносить его тела в Египет, а похоронить его в земле, чтобы никто, кроме этих двух учеников, не знал о месте его погребения. Он сделал распоряжение также относительно своей одежды. Великому епископу Афанасию он завещал отдать свою тунику и мантию, которую он получил от него новой и которая была теперь изношена, а этим двум ученикам, ходившим за ним в его последние годы, он завещал свою власяницу. Его прощальные слова были: «Прощайте, милые дети, ваш Антоний отходит, и его уже более нет с вами!»
Затем он дал с отцовской нежностью лобзание мира. Он тихо протянул ноги и весело смотрел в лицо смерти, выражая какую-то чудесную радость, словно он видел идущих к нему навстречу друзей. Можно предположить, что блаженные духи явились ему в эту минуту, чтобы сопровождать его в Небесное отечество. И так он предал дух Богу семнадцатого января, в день, в который египтяне, греки и латины празднуют его память, в год от Рождества Христова 356-й, на 105-м году своей жизни.
Его ученики, верные исполнители его последней воли, тайно погребли его тело и заботливо скрыли место его погребения. Епископы, которым были переданы его туника и его мантия, сохранили их как драгоценные сокровища. Когда они взирали на эти вещи, им казалось, что они видят самого великого Антония, и, надевая их, они переживали внутреннюю радость, как будто они были облечены его духом.