После смерти Мьёдзэна дисциплина и моральный климат в монастыре Кэнниндзи подверглись серьезному испытанию, и Догэн, не представляя себя в роли реформатора, удаляется в небольшой сельский храм Аньёин неподалеку от Фукакусы (1230 г.). Вскоре этот храм становится медитационным центром и местом паломничества многих ревнителей веры из Киото. Догэн учил своих учеников обретать собственную природу Будды в процессе сидячей медитации. Он не сомневался в том, что даже в период, когда попирается Закон (мэппо), страна может обрести мир за счет реализации истинной Дхармы.
Именно в этот период (1231 г.) Догэн пишет первую главу своего фундаментального труда по буддийской философии — «Сёбогэндзё» («Драгоценное знание истинной Дхармы»), — посвященного дзадзэн (бендова). Вскоре он поселился в более крупном храме Каннондё-риин, расположенном по соседству с древним храмом Гокуракидзи (1233 г.). Именно там он обрел своего наиболее верного ученика Эйо (1198–1280), который передал потомкам его литературное наследие.
Однако храм Каннондёриин находился в плачевном состоянии, и было построено новое святилище Кёсё-хориндзи с первым в Японии медитационным залом (1236 г.). Радость Догэна не знала границ. Правила, которые он установил для практики в медитационном зале, сами по себе являются свидетельством его высоких моральных принципов и приверженности медитации. Стремящийся найти Путь ученик должен освободиться от всех честолюбивых и собственнических мыслей. Не испытывая страха перед будущим, он должен сосредоточиться на настоящем. Все должны жить в гармонии, выполняя упражнения, ведущие к освобождению. В зале для медитаций воспрещается изучать или декламировать сутры. Любые песнопения и восхваления имени Будды (нэмбуцу) также запрещены. Все должны исполнять указания настоятеля и быть сдержанными в своей речи. Следует быть терпимым к недостаткам других монахоя. Будда не поощряет недостатков, но и не ненавидит их.
Годы, проведенные в Кёсёхориндзи, стали наиболее плодотворными для Догэна. Его окружали многие одаренные ученики и миряне, как мужчины, так и женщины. Несмотря на это, ему пришлось отказаться от наставничества и покинуть монастырь. Причиной этому послужили зависть и враждебное отношение монахов с горы Хиэй, которые представляли реальную опасность для него и его паствы. В 1243 году он принимает приглашение своего ученика-мирянина и друга Хатано Йо-сисигэ посетить провинцию Эхидзэн, чтобы обрести так любимое им уединение в горах. Какое-то время он проживал в небольших деревенских храмах (Йосименедера и Йамасибу), и жил там до тех пор, пока в 1245 году не завершилось строительство храма под названием Эйхэй-дзи («Бесконечный мир»).