В то время ему оставалось жить совсем немного, но его имя повторяли по всей стране. Сёгун Хёдзё Токиёо-ри пригласил его посетить свою резиденцию в Камаку-ре, и зимой 1247/48 года Догэн принял это приглашение. Впрочем, вскоре он вновь уединился в горной обители. К этому времени его здоровье, которое никогда не отличалось крепостью, окончательно пошатнулось. Он подолгу не покидал стен своей кельи, где завершал написание последней главы «Сёбодзэндзё», посвященной «Восьми мыслям, которые должен пробуждать Будда или бодхисаттва» («Хаси-дайнинкаку»). По настоянию друзей он обратился за медицинской помощью к Эйо, но легочное заболевание, от которого он страдал, к тому времени уже приняло хроническую форму. Догэн умер 28 августа 1253 года.
На протяжении всей жизни Догэна не оставляла мысль о преходящей природе всех вещей. Он искал утешения в созерцании природы, поэзии и преуспел в написании стихотворных произведений, как на китайском, так и на японском языках. Два стихотворения на японском, написанные незадолго до смерти, выражают сущность его духовного состояния. Природа, несмотря на то что она подвержена смерти и увяданию, прекрасна, когда предстает отраженной в зеркале души. Подобно росе, тленный мир и человек исчезают, но в каждой капле росы человеческий разум отражается подобно луне. Ниже приводится несколько параллельных строк.
Асахи мацу кусу-ха но тзую но ходо наки ни исоги на таттэ со нобэ но акикадзэ
Йо но нака ва нан ни татоэн мидзутори но хаси фуру тзую ни ядори дзуки кагэ
На листе и траве
В ожидании утреннего солнца
Роса быстро улетучивается.
Не торопись, осенний ветер,
Волнующий безмятежность полей.
С чем следует искать мне схожесть
Мира и жизни человека?
Быть может, с лунной тенью,
Когда она соприкоснется с клювом цапли,
Росою увлажненным.
Дзадзэн
Догэн считается признанным мастером дзадзэн. При этом он не только сам практиковал сидячую медитацию, которой уделял времени больше, чем кто-либо из его учеников, но и рассматривал эту методику как истинную самореализацию и осуществление Закона Будды. Среди буддистов его подход называется религией «исключительного дзадзэн» (шикан тадза) и рассматривается как возврат к «чистой традиции Будды и патриархов» или как «Дхарма Шакьямуни». Ничто так не огорчало Догэна, как размежевание буддийских и дзэн-ских сект и школ, разрушительными последствиями которого, по свидетельству хроник эпохи Сун, стали духовный упадок, формализм и зависть. Следует признать, что и сам Догэн был преемником патриархальной линии наставника Цзю-циня, хотя последний был человеком широких взглядов и осуждал сектантскую разобщенность.