Берия изменил систему только в одном: он приказал лагерным начальникам оставлять больше заключенных в живых и эффективней их использовать.
На практике, хотя новая политика нигде четко не зафиксирована, Берия отменил запрет на привлечение «каэров», обладающих инженерной, научной или технической квалификацией, к работе на технических должностях в лагерях. На местах, однако, лагерные начальники по-прежнему опасались широко использовать «политических» как специалистов, и эти опасения сохранились до кончины ГУЛАГа в середине 50-х. Даже в 1948 году различные подразделения органов госбезопасности все еще спорили о том, допустимо ли такое использование: одни утверждали, что это слишком опасно политически, другие указывали, что лагерям без этого очень трудно обходиться.[370] Хотя Берия не разрешил дилемму полностью, он настойчиво стремился сделать лагеря НКВД производительной частью советской экономики и поэтому не мог согласиться с тем, чтобы все видные ученые и инженеры ГУЛАГа теряли конечности, отмораживая их на общих работах в северных лагерях. В сентябре 1938-го он начал создавать так называемые шарашки — мастерские и научные лаборатории, где работали заключенные специалисты. Солженицын, побывавший в такой шарашке, описал одну из них — «особый таинственный номерной научно-исследовательский институт» — в романе «В круге первом»: «В старое здание подмосковной семинарии, загодя обнесенное колючей проволокой, привезли полтора десятка зэков, вызванных из лагерей. <…> Шарашка тогда еще не знала, что ей нужно исследовать, и занималась распаковкой многочисленных ящиков, притянутых тремя железнодорожными составами из Германии; захватывала удобные немецкие стулья и столы; сортировала устаревшую и доставленную битой аппаратуру…».[371]
В документах НКВД шарашки назывались «особыми конструкторскими бюро», и с некоторого момента ими ведал 4-й спецотдел НКВД. Всего в них работало около 1000 человек. В некоторых случаях Берия лично выискивал в лагерях талантливых ученых и приказывал доставить их в Москву. Их отводили в баню, стригли, брили, давали им отдых, а затем отправляли работать в тюремные лаборатории. В числе самых важных «находок» Берии был авиационный инженер Туполев. Он прибыл в шарашку с вещмешком, в котором лежали пайка хлеба и несколько кусочков сахара, и не хотел расставаться с этими запасами даже после того, как ему сказали, что кормить теперь будут лучше.
Туполев, в свой черед, дал Берии список других арестованных специалистов. В их числе были ведущий советский конструктор реактивных двигателей Валентин Глушко и будущий создатель спутников, основоположник всей советской космической программы Сергей Королев. О Королеве сидевшие с ним заключенные вспоминали, что он вернулся на Лубянку после семнадцати месяцев на Колыме истощенный и измученный, цинга лишила его многих зубов.