Вторая трагедия прямо—таки раздавила супругов: 20 января 1889 года наследник, эрцгерцог Рудольф, покончил с собой в охотничьем домике Майерлинга вместе с юной баронессой Ветсера. С того самого дня путешествующая императрица превратилась в императрицу блуждающую: она больше не выносила Вену, наезжала туда изредка и на короткий срок и снова отбывала на Корсику, в Лондон, на Мадейру — куда угодно, мечась по всем закоулкам Европы, словно обезумевшая птица, в сопровождении горстки преданных слуг. Ее преследовала смерть — смерть сына, да еще и двоюродного брата Людвига II, утонувшего в озере Штарнберг. Смерть, казалась, шла за ней по пятам. Она приготовила ей последний в жизни, особенно жестокий удар: 4 мая 1897 года самая молодая из ее сестер, герцогиня Алансонская София, заживо сгорела на пожаре на благотворительном базаре.
Когда пришла эта скорбная новость, Елизавета находилась в Линце. Убитая горем, она отказалась встречаться с кем бы то ни было, сделав исключение для Франца Иосифа, примчавшегося из Вены, чтобы ее утешить. Все время она в таком нервном состоянии, так бледна и убита горем, что император упросил ее поехать на воды в Киссинген, которые ей всегда помогали.
Очень своевременная предусмотрительность — вскоре императрица вновь стала испытывать потребность к бегству. В июне она вернулась в Линц, затем поехала в Ишль, где ее моральному состоянию предстояло еще ухудшиться.
— Она так много говорит о смерти, — сказал императору посол Германии, — что меня это сильно угнетает.
Но уже и Ишль, кажется, ей тесен: 29 августа Елизавета поехала в Меран, чтобы пройти курс лечения глаз, но смогла пробыть там только месяц. Из Мерана она отправилась к своей младшей дочери Марии—Валерии, вышедшей в 1890 году замуж за эрцгерцога Франциска Сальватора, князя Тосканского. Эта чета не так давно поселилась в замке Валзее, и некоторое время императрица чувствовала себя вполне комфортно.
Не созданная, к несчастью, для роли тещи, в ноябре она опять тронулась в путь. На этот раз из Австрии — в Париж, чтобы провести Рождество со своими сестрами, Марией, королевой Неаполитанской, и Матильдой, графиней де Трани. Состояние ее здоровья было настолько серьезным, что она отказалась ехать, как планировала раньше, на Канарские острова, к огромному облегчению Франца Иосифа, написавшего ей из Хофбурга, где он в одиночестве отметил свое шестидесятилетие: «В твоем письме я нашел лишь одну утешительную новость: ты откажешься от плавания по океану? Как я тебе за это буду признателен. Поскольку я и так завален политическими заботами, еще сознавать, что ты находишься в море, и не иметь от тебя новостей — невыносимо. Сейчас такие времена, что приходится опасаться всего…»