Накануне дня Святого Иоанна, 23 июня, Сан-Эльмо пал. Мустафа-паша имел мало поводов для радости, когда объезжал руины форта. Он устремил свой взгляд через гавань на форт Сан-Анджело и с горечью сказал: «Боже! Если маленький сын стоил нам так дорого, какую цену нам придется платить за большого отца?»
Необычайная иллюминация была на Мальте 23 июня. Несмотря на уныние из-за потери Сан-Эльмо, рыцари все же разожгли в день Святого Иоанна свои традиционные костры в Биргу, Сенглеа и Мдине. Турки тоже зажгли огни в честь взятия форта.
На следующее утро солнце осветило Большую гавань, бастионы и здания Сан-Эльмо, ставшие рябыми за 31 день осады. О ее печальном окончании свидетельствовало турецкое знамя с полумесяцем, гордо реявшее на ветру над руинами форта. И особенно контрастировали с красотой наступившего утра три деревянные конструкции в виде креста, выносимые ветром ко входу в Большую гавань. К ним были пригвождены обезглавленные тела трех рыцарей. Ла Валлетта сразу позвали, когда эти конструкции прибило к берегу у замка Сан-Анджело. Двух рыцарей опознали, это были итальянцы Мортелли и Сан-Джорджио. Кроме того, Мустафа-паша приказал еще вздеть на копья в форте Сан-Эльмо головы полковника Маса, Миранды и Де Гуареса и развернуть их лицом к Сан-Анджело. Глядя на это, взбешенный Ла Валлетт утратил всю свою гуманность, хорошо всем известную и выделявшую его в те жестокие времена. Он немедленно приказал в отместку обезглавить всех турецких пленников, и выстрелить их головами по позициям турок.
Затем гроссмейстер узнал, что скрытно прибыли и высадились на Мальте подкрепления с Сицилии. Однако этому отряду из семисот человек, присланному вице-королем на четырех галерах, командиром флота был отдан приказ высадиться на Мальте только в том случае, если Сан-Эльмо остается в руках рыцарей. В противном случае отряд должен был возвращаться на Сицилию. Когда галеры бросили якорь на северо-западе Мальты, один из рыцарей поскакал по берегу, чтобы выяснить ситуацию. Он узнал, что форт пал, но сначала передал информацию командиру отряда шевалье де Робле. Тот решил не лишать орден столь необходимого подкрепления и сказал командиру флота, что форт еще удерживается рыцарями и что можно высаживаться. Он повел отряд берегом залива Калькара, чтобы найти лодки для переправы в Биргу.
Турки узнали об этом подкреплении, когда было уже поздно помешать высадке. Но они не знали, что прибыло всего семьсот человек. Мустафа-паша, помня, сколько людей он потерял при осаде Сан-Эльмо, понимал, что продолжение осады будет делом нелегким. Еще он не забывал о том, что ему предстоит предстать перед грозными очами султана и отчитаться за все свои потери и подмоченную репутацию. Мустафа-паша подумывал о том, не поступить ли ему так же, как поступил султан сорок три года назад на Родосе. Если он предложит рыцарям свободно уйти с Мальты, то добьется своей главной цели, избежав дальнейших неизбежных потерь. Он так проникся этой мыслью, что, похоже, забыл о своей безжалостности по отношению к пленным рыцарям и солдатам, захваченным в Сан-Эльмо, и надругательстве над христианским символом – распятием. Мустафа выбрал греческого раба, чтобы послать под белым флагом свои предложения в Биргу. Однако, как и следовало ожидать, его вынужденного миролюбия Ла Валлетт не оценил. Выслушав парламентера, он приказал: «Взять и повесить!» Он не собирался так поступать, но хотел подавить волю парламентера, напугать так, чтобы страх пронизал его доклад Мустафе-паше. Увидев, что парламентер смертельно напуган, Ла Валлетт милостиво согласился сохранить ему жизнь и дал возможность увидеть укрепления Биргу с их наивыгоднейшей стороны, что повергло парламентера в трепет. Затем Ла Валлетт указал ему на ров и сказал, что это единственное место, которое он может предоставить Мустафе и его янычарам.