Турецкий главнокомандующий был разгневан, когда получил ответ от своего посланника. Он сразу понял, как глупо было ожидать от рыцарей согласия на какую-либо форму капитуляции. И он решил атаковать Сенглеа, форт Сан-Микаэль и Биргу. Он полагал, что когда захватит все эти три места, то последний форт Сан-Анджело падет, как спелая слива.
Мустафа-паша разделял мнение рыцарей о том, что ни одному судну не удастся проскользнуть мимо форта Сан-Анджело с его тяжелыми орудиями, и поэтому он придерживался плана, по которому разместил свои корабли в гавани так, чтобы они могли вести огонь по своим целям, не подвергаясь риску быть уничтоженными огнем артиллерии форта. Он решил перетащить свои суда по суше, и в течение нескольких последующих дней все рабы перетаскивали их с берега у Марсамшетта на южную сторону холма Шиберасс. Затем корабли спускались в море у Марсы и размещались на позициях для атаки Сенглеа и форта Сан-Микаэль. Когда восемь десятков кораблей таким образом были транспортированы в Большую гавань, Мустафа-паша перевел наиболее тяжелые орудия на холм Шиберасс, а также на высоты Коррадино, откуда им было проще поражать свои цели.
Ла Валлетт пытался помешать осуществлению турецких планов и прекратить высадку вражеских войск на полуостров Сенглеа и у форта Сан-Микаэль. По его приказанию был сооружен палисад из кольев, окованных железными обручами и вбитых в дно, от оконечности Сенглеа до конца укреплений. Подобный палисад перегородил и залив Калькара, чтобы защитить Биргу с северной стороны.
Турецкая бомбардировка началась в конце первой недели июля, и ее целями стали башни Биргу и Сенглеа и форты Сан-Анджело и Сан-Микаэль. Чтобы разрушить палисады для высадки своих войск, Мустафа-паша послал вплавь своих людей, вооруженных топорами и кирками. Те уже переплыли половину залива, когда об этом доложили коменданту Сенглеа адмиралу дель Монте. Для него это было неожиданностью, поскольку сам он не имел организованных пловцов в своем гарнизоне. Однако почти все жители Мальты умели плавать с детства. По приказу командира большое количество мальтийцев, схватив ножи и кортики и сняв одежду, бросились в море. Они поплыли, держа свое оружие в зубах, и добрались до турецких пловцов, когда те уже начали валить палисад. Мальтийцы и турки сошлись врукопашную, и поразительная схватка пловцов быстро закончилась бегством турок, прихвативших своих раненых.
Вторая попытка Мустафы разрушить палисад последовала на следующий день. На этот раз турки обвязали колья канатами и пытались свернуть их кабестанами с берега у Коррадино. Но мальтийцы снова бросились в воду и перерезали канаты. Больше Мустафа-паша не предпринимал попыток разрушить палисад и решил немедля атаковать Сенглеа и Сан-Микаэль. 8 июля на Мальту прибыл губернатор Алжира, сын Хайраддина Хасан-ага. На двадцати восьми кораблях он привез две с половиной тысячи отборных содлат. Атаку на Сенглеа возглавил Хасан, а штурм форта Сан-Микаэль – его лейтенант Канделисса. Двойная атака состоялась 15 июля. С самого начала штурма стало ясно, что турки спланировали и организовали его гораздо лучше, чем осаду Сан-Эльмо.