К XVII веку относится также дошедшая до нас монастырская
колокольня. Она занимает место на середине каменного крытого перехода, соединяющего паперти собора и трапезной. Судя по этому ее положению и ориентации, она с самого начала была связана с переходом. Правда, существующий переход вместе с пристроенным к колокольне крыльцом построен не ранее рубежа XVIII-XIX веков, но он точно повторил трассу более раннего, существовавшего уже в XVII столетии. Остатки его сохранились в нижнем этаже.
Ферапонтовская колокольня довольно архаична. Это сказывается не только в простоте декорации, не характерной для колоколен
XVII века, но и в самом ее устройстве. Очень редки квадратный план звона и четырехгранный, выглядящий несколько грубоватым, шатер. Тем не менее некоторые детали, в частности, профилировка карнизов, не позволяют отнести ее постройку к более раннему времени.
Монастырь когда-то имел в своем составе и другие здания - поварню, погреба, кельи. Некоторые из них строились из камня, но большая часть - из дерева. Все они давно уже утрачены. Деревянной была и монастырская ограда с четырьмя башнями по углам. С южной стороны она несколько отступала за пределы Казенной палаты. В целом она же более или менее совпадала с существующей, относящейся ко времени бытования монастырских церквей как приходских. В значительной части она выстроена заново уже в 1870 году. Немногочисленность сохранившихся построек способствует еще большему слиянию ферапонтовских храмов с окружающим пейзажем.
Несмотря на то, что Ферапонтов монастырь имеет несравненно более скромные размеры, чем его могучий сосед, архитектурное значение ансамбля столь же велико. Памятники обоих монастырей создавались в одну историческую эпоху, выражали одни художественные идеи и зачастую принадлежат одним и тем же мастерам. Суровая, величественная крепость Кирилло-Белозерского монастыря и живописный, поэтичный Ферапонтовский ансамбль в равной мере являются замечательными памятниками высокой художественной и строительной культуры древней Руси.
МУЗЕЙ
Музей в Ферапонтове возник в 1918 году как часть Кирилло-Белозерского музея-монастыря. В 1975 году он получил статус филиала и свое современное название - Музей фресок Дионисия. В 1979 году впервые был поставлен вопрос о самостоятельности Музея, но до сих пор он не решен. В 1997 году в составе Кирилловского музея Музей фресок Дионисия включен в свод особо ценных объектов историко-культурного наследия народов Российской Федерации.
К лету 1998 года, когда монастырю исполняется 600 лет, открыты для обозрения экспозиция "История Ферапонтова монастыря", церковь Мартиниана и две выставки под общим названием "Монастырская вотчина".