Иконостас в церкви - первой половины XIX века, довольно простой, с некоторыми характерными ампирными мотивами. Его резьба имеет большие утраты. У северной стены церкви в нише находится захоронение преподобного Мартиниана, который по традиции погребен у южной стены собора, тогда еще деревянного. Захоронение Мартиниана издавна служило местом поклонения и, вероятно, было отмечено деревянным навесом или палаткой. Над могилой стоит резная позолоченная деревянная рака. Вырезанный на ней текст сообщает об изготовлении раки в 1646 году и кратко излагает житие Мартиниана.
В глубине ниши на внешней стене Рождественского собора имеется роспись, выполненная одновременно с росписью его интерьера. Средняя часть этой композиции утрачена. Судя по описи XVIII века, здесь была изображена сидящая на троне Богоматерь с младенцем. Сохранились изображения предстоящих ей в молении: архангела Михаила (слева), архангела Гавриила и св. Николая (справа), а также фрагменты фигур двух коленопреклоненных в монашеских одеждах, в которых есть все основания видеть Ферапонта и Мартиниана. Эта композиция связана с захоронением Мартиниана, а изображение св. Николая напоминает о придельной церкви этого святого, расположенной за стеной. Еще не канонизированные в момент исполнения фрески преподобные молятся св. Николаю и вместе с ним - Богоматери.
В 1649 году сооружено здание Святых ворот, в верхнем этаже которого расположены церкви Богоявления и Ферапонта. Своеобразная и живописная композиция этого небольшого здания, увенчанного двумя стройными шатрами, с примыкающей к нему с юга Казенной палатой, образует главный фасад монастыря.
Церковь фланкирована двумя симметричными двухэтажными пристройками. Одна из них, северная, сооружена в позднее время на месте прежних каменных келий, часть стен которых включена в ее нижний этаж. Вторая пристройка, древняя в основе, тоже сильно переделана, а ее стена со стороны монастыря вообще новая. Сейчас в ней устроена лестница, ведущая в церковь. Прежде наверх поднимались по деревянному крыльцу. В годы пребывания в монастыре патриарха Никона церковь Богоявления служила ему домовой церковью. К ней вели деревянные переходы от выстроенных Никоном хором.
Внутри обе церкви, объединенные в одно помещение, очень своеобразны. Иконостасы поставлены вдоль длинной оси здания, оставляя свободным узкое пространство, мало напоминающее внутренность храма. Увенчивающие здание каменные восьмерики с шатрами поставлены над его серединой без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек.