Если осенью 1993 года музейная библиотека насчитывала около ста случайных книг, то теперь это одна из самых лучших музейных библиотек в российской провинции. В ней около 26000 томов, причем здесь немало особо ценных, редких и уникальных изданий. Систематически подобрана литература по истории, искусству, словесности, этнографии, географии, библиографии, по народному хозяйству, социологии, философии, музыке, праву и многим другим дисциплинам. Имея ярко выраженную гуманитарную окраску, Научная библиотека Музея в Ферапонтове призвана служить всем музейным работникам Ферапонтова, Кириллова, Вологды, а также иногородним специалистам, посещающим Ферапонтово с научными целями.
Другое замечательное собрание Музея образовалось из предметов крестьянского и городского хозяйства и быта, причем с самого начала сотрудники Музея собирали вещи, происходящие из Кирилловского района, а точнее - из ближних и дальних окрестностей Ферапонтова. Жители многих деревень охотно жертвовали Музею сохранившиеся у них предметы XIX и XX века: иконы, книги, гончарные изделия, кросна, снасти для кросен, точила и жернова, весы и безмены, стеклянную и деревянную посуду, прялки и скалки, сундуки и короба, старинные ткани, повседневную и праздничную одежду, старые письма, фотографии и документы и множество других вышедших из употребления предметов. Так формировалась этнографическая коллекция в Музее, дающая хорошее представление о крестьянской культуре Белозерского края. Десятки деревень вокруг Ферапонтова существуют с ХV и ХVI веков и, надо думать, крестьянский быт тех давних времен мало чем отличался от быта XIX или начала XX века, так что этнографическое собрание Музея имеет и историческое значение.
Еще одна новосозданная коллекция Ферапонтовского музея - собрание старопечатных книг и рукописей. Когда-то, в ХV и XVI веках Ферапонтов монастырь был видным центром книгописания и литературной деятельности, и он обладал отличной библиотекой, рассеянной впоследствии - после закрытия монастыря в 1799 году - по множеству государственных и частных коллекций. Укажем, например, на Острожскую Библию, отпечатанную Иваном Федоровым в 1581 году. Данная вкладом в Ферапонтов монастырь неким Кириллом Евтихиевым в 1590 году, она в XX веке обнаружилась в частном собрании известного старообрядческого собирателя М.И.Чуванова, а в 1979 году ферапонтовский экземпляр Библии перешел вместе с основной частью чувановского собрания в Российскую Государственную библиотеку.
Приступив к воссозданию коллекции старых печатных и рукописных книг в Ферапонтове, коллектив Музея начал с нуля. В августе