В алтаре изображены святители с литургическими текстами в руках и дьяконы, поклоняющиеся евхаристическому младенцу. В дьяконнике, где помещался придел святого Николая, представлены сцены его жития. Стиль выдает руку менее искушенного мастера, зато полуфигурное изображение святого в конхе принадлежит к наиболее совершенным образам всей росписи собора.
В живописный ансамбль входили и иконы иконостаса собора, написанные одновременно со стенными росписями. 16 икон деисусного ряда, 7 икон пророков и 2 местные иконы находятся в настоящее время в Третьяковской галерее. Русском музее и Кирилловском музее. Стенные росписи и иконы собора Ферапонтова монастыря - признанная вершина творчества Дионисия. В их яркой красочности, праздничной нарядности и торжественности, спокойной уравновешенности композиций отразилась та эпоха национального самосознания, когда русский человек впервые почувствовал себя гражданином крупного централизованного национального государства, призванного сыграть роль единственного законного наследника падшей под ударами иноверцев Византийской империи. Вместе с тем, зрителя привлекает в этих произведениях и особый взгляд на мир, принадлежащий одному из крупнейших мастеров русской средневековой живописи, его артистизм, только ему свойственное сочетание изящества и умозрительности.
В 1530-1531 годах в Ферапонтовом монастыре была сооружена церковь Благовещения с трапезной палатой. Ее постройка связана с посещением монастыря великим князем Василием III, приезжавшим в 1527 году в Кириллов монастырь молиться о даровании наследника. Массивная одностолпная палата и церковь поставлены, как и у обеих кирилловских трапезных, по одной оси и подняты на высокий подклет. Однако келарская палата, теперь разрушенная, примыкала к трапезной не с запада, а с севера, нарушая симметрию. Сейчас от нее остались хорошо читающиеся остатки стен и сводов. С юга к трапезной пристроена перекрытая сводами паперть с большими открытыми арками в верхнем этаже. На паперть вела каменная лестница. Рядом со входом с паперти в трапезную в стену вделана каменная плита с высеченной на ней надписью, сообщающей о строительстве и освящении храма. Внутри церковь выглядит несколько необычно. Она не имеет отдельного помещения для алтаря и перекрыта низким куполом, опирающимся на переброшенные в углах арочки. Над церковью возведен еще один ярус, в который из храма ведет внутристенная лестница. Середину этого яруса занимает высокий цилиндр, переходящий вверху в световой барабан. В него с разных сторон открываются небольшие камеры, расположение которых, на первый взгляд, кажется хаотичным. На южную и восточную стороны камеры выходят большими открытыми арками, в которых прежде висели колокола. Объем церкви завершается тремя ярусами кокошников и барабаном с главой. В целом устройство верха Благовещенской церкви в виде звона очень напоминает завершение кирилловской церкви Архангела Гавриила.