В подклете под церковью, трапезной и келарской располагались хлебня и другие хозяйственные помещения. Теплом от хлебни через жаровые каналы отапливался верхний этаж. Снизу в трапезную приносили пищу по узким лестницам, скрытым в толще стен.
В XIX веке здание подверглось безжалостной перестройке. Тогда сломали келарскую, уничтожили свод трапезной палаты, растесали окна, перестроили паперть. Реставрация здания началась еще в 1908 году, но завершилась только в последние годы. Восстановлены свод трапезной, прежняя форма окон, покрытие по кокошникам.
При перестройках прошлого века церковь была превращена в алтарь, и новый иконостас поставлен в прежней трапезной. Художественной ценности он не представлял и при реставрации был демонтирован.
К XVI веку относится один из лучших памятников монасты
ря - Казенная палата, прежде иногда ошибочно называвшаяся Сушилом. Палата представляет собой массивное двухэтажное здание под двускатной кровлей, расположенное справа от Святых ворот. Фасады здания решены по-разному. Западная стена, включенная в линию монастырской ограды, прорезана узкими маленькими окнами, скорее напоминающими бойницы. Окна южного фасада имеют обычное для этого времени наружное устройство в виде глубоких амбразур. Более богато обработан северный фасад, обращенный к трапезной палате и собору. Его скупая, но выразительная декорация сходна с декорацией трапезной. Окна украшены ступенчато западающими арочками, а вверху выложен карниз из простых кирпичных консолей. Восточное крыло здания было одноэтажным, но оно до наших дней не сохранилось. Внутри оба этажа перекрыты сводами. Сообщаются они лестницей, проходящей в толще стены. Наверху имеется отдельная небольшая камера, в которой хранились важные для монастыря документы - государевы жалованные грамоты и купчие крепости. Казенная палата - одно из лучших дошедших до нас гражданских сооружений XVI века. Предельно скупыми средствами строители придали ему редкую выразительность и монументальность.
От середины XVII века в монастыре сохранились два храма. Один из них церковь Мартиниана, построенная в 1641 году над гробницей прославленного игумена. Церковь завершается большим каменным шатром. Памятник сильно искажен поздними переделками. Некоторые следы его первоначального декора видны на южном фасаде. Из наиболее грубых искажении можно отметить пристройку с западной стороны совершенно новой трапезной (при этом в западной стене храма на месте древнего портала пробит широкий проем), сооружение новой граненой апсиды на месте древней, полукруглой, обвалившейся в конце XVIII века, и растеску окон. При строительстве трапезной на ее западную стену перенесли старую каменную плиту с надписью о строительстве церкви Мартиниана. Памятник в его теперешнем виде страдает известной сухостью деталей.