Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему миру». «Призываю вас, граждане, к единению, к борьбе с большевизмом, к труду и жертвам».
Провозглашение адмирала Колчака не прошло вполне гладко. Находящиеся в Уфе и в Екатеринбурге члены Учредительного Собрания во главе с Черновым заявили, что они не признают власти адмирала Колчака, что они откроют фронт большевикам и будут всеми силами противодействовать новой власти. Чернов и его сподвижники были арестованы Сибирскими войсками, но по пути отбиты от них чехами. Чернов пробрался в Советскую Россию. С этого времени деятельность партии социалистов-революционеров ушла в подполье. Они заявили, что им ближе большевики, чем националисты, и во всем дальнейшем течении гражданской войны в Сибири они занимались агитацией в армии, возбуждением против власти земств и кооперации и подготовкой заговора.
В Омске был произведен суд над деятелями переворота 18-го ноября казачьим полковником Волковым и войсковыми старшинами Красильниковым и Катанаевым, которые сами заявили адмиралу Колчаку о своем участии в перевороте. На суде выяснилась картина деятельности партии социалистов давление их на Директорию, выразившееся, между прочим, в телеграмме Чернова Зензинову о необходимости свержения Сибирского правительства и в объяснении Зензинова, почему это нельзя сделать сразу, поведение Товарища Министра Внутренних дел социалиста-революционера Раговского, занимавшегося организацией полиции партийного социалистического состава, сведения о хищениях социал-революционерами денег из казначейства на партийные цели и т. п. — все это свидетельствовало о подготовлявшемся захвате власти партией социалистов-революционеров. На суде также выяснилась негласная поддержка, оказывавшаяся Чехо-Словацким национальным комитетом в Сибири этой партии. Волков, Красильников и Катанаев были по суду оправданы.
В тылу также произошли неблагоприятные события. Атаман Семенов, командир корпуса в Забайкалье, заявил, что не признает власти адмирала Колчака, прислал ему дерзкую телеграмму с требованием передачи власти одному из указанных им лиц: генералу Хорвату, атаману Дутову или генералу Деникину. В ответ на это Семенов был отрешен от должности, но он не сдал ее. Тщетны были уговоры других казачьих генералов и атамана Дутова — Семенов был не уступчив. Когда Колчак послал войска против него из Иркутска, то японцы заявили, что не допустят военных действий против Семенова. В этом происшествии была видна антирусская рука Японии. Только весной 1919 года в период успехов Сибирской Армии на противобольшевистском фронте Семенов признал свое подчинение адмиралу Колчаку.