Совершив эту чрезвычайно трудную, рискованную и ответственную экспедицию, молодой лейтенант Колчак показал себя смелым и предприимчивым исследователем, которого не останавливают никакие трудности для завершения задуманного дела. Уже после Русско-Японской войны в Петербурге он разработал результаты своих двух экспедиций и свои труды по гидрологии и магнитологии. Одним из результатов его работ явилось его печатное сочинение: «Льды Карского и Сибирских Морей». Труд этот до сего времени считается классическим в своей области, и в 1928 году он был переиздан на английском языке Американским Географическим обществом в книге «Проблемы Полярных Исследований», где помещены труды тридцати одного из наиболее выдающихся полярных исследователей. За свои работы лейтенант Колчак получил в 1906 году высшую награду Императорского Географического Общества — Большую Константинов скую золотую медаль.
Как выше сказано, вскоре по прибытии в Якутск А. В. Колчак узнал о начале войны с Японией. Считая, что долг военного человека обязывает его принять активное участие в войне, он по телеграфу обратился в Академию Наук с просьбой вернуть его в Морское Ведомство и также обратился в Морское Министерство за разрешением следовать в Порт-Артур. Первоначально Академия Наук не хотела отпустить Колчака, но после его личного обращения к президенту Академии Великому Князю Константину Константиновичу разрешение было получено и Александр Васильевич, сдан дела по экспедиции, коллекции и ценности Оленьину для доставки в Петербург, отправился в Иркутск, куда прибыли его отец и его невеста Софья Федоровна Омирова. Обвенчавшись в марте 1904 года в Иркутске, А. В. Колчак отправился в Порт-Артур, а его молодая жена в С.-Петербург. Прибыв в Порт-Артур, лейтенант Колчак просил Командующего флотом вице-адмирала С. 0. Макарова назначить его на активную должность на миноносец, но адмирал Мака ров сказал, что после столь трудной экспедиции Колчаку необходимо несколько отдохнуть и пожить в человеческой обстановке на большом судне, и назначил его на крейсер «Аскольд». После гибели адмирала Макарова он был переведен сперва на минный заградитель «Амур», а затем назначен командиром миноносца «Сердитый». Его организм, подорванный трудами и лишениями двух полярных экспедиций, не выдержал нового напряжения, он заболел воспалением легких в тяжелой форме и слег в госпиталь. Оправившись от болезни, в июле Колчак вернулся на миноносец, но к осени опять начали сказываться последствия пребывания на крайнем севере у него появились признаки суставного ревматизма. Продолжая командовать миноносцем, уже через силы, А. В. Колчаку удалось поставить минную банку на подходах к Порт-Артуру, на которой взорвался японский крейсер «Такасаго». Болезнь тем временем сильно развивалась, и в связи с перенесением центра тяжести обороны Порт-Артура на береговой фронт А. В. Колчак был переведен на сухопутный фронт командовать батареей морских орудий. Во время пребывания на этой должности он был легко ранен. Ко времени сдачи крепости Колчак едва мог ходить и после сдачи ее лег в госпиталь. В госпитале в Порт-Артуре он пробыл до апреля 1905 года, когда был перевезен в Японию в город Нагасаки. Здесь партия раненых и больных русских офицеров получила предложение Японского Правительства пользоваться лечебными заведениями и водолечебницами Японии или же, если они хотят, то вернуться в Россию без всяких обязательств. Все они предпочли вернуться, и А. В. Колчак отправился через Канаду в С.-Петербург. В С.-Петербурге он занимался, как выше сказано, приведением в порядок и систематизацией своих трудов по двум полярным экспедициям.