Во время командования миноносцем в Порт-Артуре он получил высокую военную награду — Георгиевское Оружие. После заключения Портсмутского мира с Японией и потери нашего флота на дальнем Востоке, к счастью для нашей родины, дух офицерского состава не был сломлен. Чувство горькой обиды и желание работать для возрождения флота ярко пробудилось в личном составе. В раз личных портах образовались кружки морских офицеров, поставивших себе задачей разрабатывать военно-морские вопросы в связи с реформами морского дела и воссозданием флота. Это движение встретило покровительство высшего морского начальства, и уставы кружков были утверждены. Морские офицеры были воспитаны в традициях преданности и верности Престолу и Отечеству, и они отнюдь не занимались вопросами внутренней политики, а разрабатывали исключительно вопросы стратегии, тактики, организации и техники. Особенно оживлена была деятельность С.-Петербургского Военно-Морского кружка, помощником председателя которого был капитан 2 ранга Колчак. Собрания кружка были полны интереса, здесь выковывалась и кристаллизировалась военная мысль среди офицеров флота. Весной 1906 года был учрежден Морской Генеральный Штаб учреждение, на которое была возложена разработка планов войны на море, мероприятий по подготовке флота к войне и по его организации. Морской Генеральный Штаб состоял из нескольких отделов, и начальником организационно-тактического отдела был назначен А. В. Колчак. В штабе он являлся одним из самых деятельных работников. Не было вопросов оперативного, тактического или организационного характера, в разработке которых его мысль не приняла бы самого близкого участия.
В связи с учреждением Государственной Думы и рассмотрением программы создания вооруженных сил в русском обществе возбудился сильный интерес к морскому делу. Встали вопросы, нужен ли России флот, если нужен, то какой, можем ли мы справиться со сложной техникой современного морского дела и т. п. Морской Министр генерал-адъютант И. М. Диков решил пойти навстречу запросам общества и разрешил офицерам, служившим в Морском Генеральном Штабе, выступать с докладами в различных общественных собраниях и в собеседованиях членов Государственной думы. Образовалась группа из четырех-пяти офицеров, распределивших между собой различные основные вопросы, во главе этой группы стоял А. В. Колчак. Речи его были замечательны. Своей убежденностью, логичностью, искренностью, ясностью изложения он производил глубокое впечатление на слушателей, и скептическое отношение общества и думы к флоту сменилось полным сочувствием. Это произошло главным образом под влиянием речей Колчака.