Сталин переадресовал письмо Бубнову. Тонкость в том, что буквально за год до этого именно Андрей Сергеевич принципиально возражал против приказа Реввоенсовета №-511, допускавшего отсутствие комиссара даже при беспартийном начальнике и тем самым
«неоправданно сужавшего роль комиссаров в Красной Армии».
Партии тогда пришлось поправить преждевременную инициативу товарища Троцкого. Однако теперь ― совсем же другое дело!
Тщательно все взвесив, Бубнов предложил не форсировать введение единоначалия, а растянуть процесс во времени, не оказывать всем командирам огульное доверие, а подходить к каждому индивидуально в зависимости от уровня подготовки. Заодно переаттестовать весь командный и политический состав. А еще заодно, как выяснилось, и пересчитать, поскольку обобщенными сведениями о численности командиров, как и системой учета личного состава в армии, Штаб РККА не располагал.
В июне 1924 года была создана комиссия Оргбюро ЦК ВКП(б) по военным вопросам под председательством Бубнова. В рамках комиссии образовали специальную подкомиссию, имевшую исключительные полномочия по проверке деловых, профессиональных качеств и политических взглядов всего начальствующего состава. Члены комиссии определяли пригодность каждого командира и комиссара на роль командира–единоначальника на основании двух критериев: принадлежность к большевистской партии и умение проводить воспитательную работу среди подчиненных. Понятно, что сторонники Троцкого быть «умелыми проводниками политики партии» никак не могли.
В декабре 1924 года пленум РВС утвердил представленную Бубновым инструкцию по практическому осуществлению единоначалия и поручил проведение ее в жизнь Политуправлению РККА. Инструкция рекомендовала рассматривать введение единоначалия не как ликвидацию политсостава, а как способ совмещения функций партийного руководства, политического воспитания и военного обучения в одном лице. Проще говоря, каждый командир должен был стать в первую очередь комиссаром. Второй вариант ― комиссара и сделать командиром.
Поэтому пленум принял резолюцию, в которой отмечалось, что единоначалие необходимо вводить в двух формах. Полное единоначалие предполагалось, когда командир являлся членом партии и был облечен ее доверием. При таком командире назначался заместитель по политической части. Неполное единоначалие вводилось, когда командир был беспартийным или признан «недостаточно подготовленным» в политическом отношении. В этом случае при нем сохранялся чистокровный комиссар. 6 мая 1925 года ЦК принял постановление «О единоначалии в Красной Армии», в котором одобрялась проделанная в этом направлении работа и давались директивные указания о постепенном переходе к единоначалию, не снижая роли политсостава.