Чекисты, распутывая клубок военного заговора, «неопровержимо» доказали: изменники Уборевич и Якир проводили в своих округах тренировки подрывников и минирование важных объектов по заданию немцев, уготавливая поражение Красной Армии в грядущем конфликте. Указания командармы получали от командующего Берлинским военным округом (?) генерала фон Рундштедта. Потому оперативно были репрессированы работники Генштаба, НКВД, секретари обкомов, занимавшиеся подготовкой к «малой войне», командиры Красной Армии, прошедшие специальную подготовку. Уничтожили сеть партизанских школ вместе с их руководителями и обучаемыми, расформировали партизанские отряды и группы. Большинство «красных партизан» арестовали как бандитов, готовивших тайные базы для иностранных интервентов. Уцелели немногие.
«Все заблаговременно подготовленные на случай войны базы и партизанские отряды ликвидированы, кадры партизан уничтожены, а всякого, кто имел отношение к этому делу,
― вспоминал профессиональный диверсант И.Г. Старинов, ―
рассматривали как врага народа или пособника врага народа».
В итоге, когда грянуло, с развертыванием партизанской борьбы запоздали на год, да и это было сплошной импровизацией, несравнимой с упущенными, уничтоженными собственными руками возможностями. И руководили «малой войной» верные, но мало смыслящие в ней товарищи, вроде Пономаренко, Ворошилова или Жукова (Георгий Константинович, видимо, вспоминая молодость и личный опыт подавления антоновского мятежа, в инструкции партизанам рекомендовал при занятии населенных пунктов первым делом выставлять дозоры и брать заложников из числа местного населения).
Аресты военачальников высокого ранга влекли за собой цепную реакцию террора по отношению к подчиненным им сотрудникам, ликвидацию курируемых ими «вредительских» направлений в военной науке, в создании новых видов вооружений, изъятию «вредительских» учебников, наставлений и теоретических работ. Были расформированы механизированные корпуса.
Репрессии в вооруженных силах преследовали ту же цель, что и репрессии в партии: накануне «решительного боя» создать послушный и преданный Сталину механизм, сделав комсостав послушной марионеткой в руках политического руководства. Из армии убирали военачальников с амбициями, колеблющихся, думающих, непонятных, а значит, вызывающих сомнения. Полководческий талант или, наоборот, военная бездарность роли не играли. Что, конечно, не способствовало развитию широты мышления у новых выдвиженцев. Но как раз этого от них и не требовалось. Сталину нужна была только абсолютная покорность, свою армию он представлял как многомиллионную, послушную единой воле, механизированную орду во главе с не рассуждающими, слепо преданными «сталинскими полководцами».