Не сохранилось ни одной из целостных росписей, сделанных Дионисием в московский период. Возможно, что в них реминисценции владимирских фресок были более непосредственными. В Ферапонтовском комплексе связь с рублевским циклом проявляется, скорее, негативно, в форме своеобразной внутренней полемики.
Стенопись Рублева в Успенском соборе во Владимире целиком не сохранилась, поэтому сейчас трудно судить о том, как выглядел этот комплекс во времена Дионисия. Рублев в этом храме выступал до некоторой степени в роли реставратора - он должен был дополнить погибшие части живописного декора, но вместе с тем он бережно сохранял фрагменты живописи домонгольской поры. При таких условиях выполненная им роспись в целом, возможно, не отличалась единством. Но то, что дошло до наших дней - фрески западной части храма расположенные на стенах, арках и сводах под хорами, составляет, в сущности, малый архитектурно-живописный ансамбль, по-своему законченное целое, обладающее единством тематического и композиционного замысла. Принципы построения этого ансамбля, по сути дела, те же, что и в его прославленной "Троице", но только здесь они осуществляются не на плоскости, а в реальном архитектурном пространстве. Тема круга и здесь господствует; зрительно выраженная в трех крупных медальонах (на своде и в центре двух обрамляющих этот свод арок), она затем варьируется в формах самой архитектуры - дугах полуциркульных арок, полукруглых очертаниях люнеты, поверхности коробового свода. И в эту сложную систему кругов и полукругов, мыслимых то планометрически, то стереометрически, фигуры вписаны таким образом, что они сливаются с архитектурой, живут вместе с ней в едином ритме, взлетают вверх вместе со взлетом арки, склоняются там, где изгибается поверхность свода, или неподвижно парят над головами зрителей в самой верхней части его, в его статической, неподвижной точке. Это слияние живописных изображений с архитектурными формами люнет, арок и сводов приобретает у Рублева и смысловое оправдание: взоры всех персонажей, их движения -все направлено к медальону с фигурой Христа - судии, расположенному в центре свода. Как и круг в "Троице", полуциркульные арки и своды приобретают здесь смысловое, символическое значение.
В системе Ферапонтовской росписи центризм сохраняется. В расположении тематических циклов Дионисий следует некоей абстрактной геометрической схеме построения архитектуры крестовокупольного храма. Это можно обнаружить, если проследить порядок размещения тематических циклов, тех, в которых Дионисий не был связан необходимостью следовать обязательному канону. В первую очередь, это сцены Акафиста, образующие три замкнутые по кругу цикла: