Малая эффективность разведчика Me 410A-1/U1 привела к разработке специализированного самолета с усиленным фотооборудованием - Me 410А-3. В нижней части носа фюзеляжа был установлен обтекатель с двумя фотокамерами Rb 20/30, 50/30 или 75/30 так, что они занимали место бывшего отсека вооружений. Два носовых пулемета MG 17 были сняты. К началу 1944 г Me 410А-3 поступили на вооружение I.(F)/ 121 в Орли, а потом в l.(F)/122, находящейся в Варшаве в составе 6-го воздушного флота, а также штаб 1-ой разведывательной группы и 3.(F)/122 в Риге.
С апреля 1944 г в серию пошел Me 410В, отличавшийся в основном более мощной модификацией моторов DB 603G, развивавшими мощность до 1900 л.с. Me 410В-1 и В-2 были соответственно "шнельбомбером" и "охотником". Me
410B-1/U2 и U4 несли "наборы" вооружений аналогичные модификации А-1. Me 410B-2/U2 имели также WB 151 с парой 20-мм пушек MG 151, а на Me 410B-2/U4 - 50-мм пушку с заменой обычного наступательного вооружения на две 30-мм пушки МК 103. На Me 410 испыты-вались и другие образцы вооружения, включая 37-мм пушку ВК 3,7, которая в апреле 1944 г была установлена вместо ВК 5 на нескольких самолетах. Вместо WB 151 в боевых частях могли ставить подвесные контейнеры с парой 30-мм пушек МК 108 или МК 103, или четырьмя 20-мм пушками MG 151 ("набор R6").
К 8 мая 1944 г вышел приказ верховного командования люфтваффе о переоборудовании всех бомбардировщиков Me 410А-1 и В-1 в истребители A-1/U2 и B-1/U2, правда, реально Me 410 в качестве бомбардировщиков использовали только I и II/KG 51 в составе IX воздушного корпуса. Как следствие по этому приказу переоборудование прошли только несколько Me 410, a KG 51 вообще в конце лета сменила их на Me 262. Кроме поступления небольшого числа Me 410 в группу "ночников" I/NJG 1 в апреле и I/NJG 5 в мае, самолет в основном использовался в разведывательных группах и в группах "охотников". Первые получали и Me 410В-3, которые отличались от А-3 только двигателями. Весной 1944 г I/ZG 1, переформированная на Me 410, была перемещена во Францию в состав X воздушного корпуса. С аэродрома в Лорене группа использовала Me 410 для удара по кораблям противника. 1/ZG 1 также успела получить до вывода в Германию и Me 410В-6, которые имели поисковый локатор "Хохентвиль" FuG 200 и WB 103, а 7,9-мм пулеметы были заменены на 13-мм MG 131. Кроме того, в серию не успели запустить вариант торпедоносца Me 410В-5, предназначенного для использования целого ряда торпед, специального "торпедно-бомбового" вооружения серии ВТ, планирующих торпед "Фридензенгель" и т.п., а также дневной и ночной варианты разведчиков Me 410В-7 и В-8. Также были прекращены работы над перспективными моделями Me 4ЮС и Н, отличавшимися большей площадью крыла, установкой турбокомпрессоров и прочими доработками.-