Судьба Джан Андреа Дориа была иной. Филипп II неизбежно узнал о резком осуждении, которое вызвал его адмирал; более того, папа Пий, получив доклад Колонны, послал королю официальную письменную жалобу. Но Филипп предпочел не придать этому значения. Дориа точно выполнил свои инструкции и был вознагражден немедленным произведением в чин генерала, с превосходством в ранге над всеми командующими флотов Испании, Неаполя и Сицилии — на этой должности он принес еще больше вреда христианскому делу, прежде чем его не стоящая подражания карьера завершилась.
К 1570 году Венеция удерживала Кипр уже восемьдесят один год. Королеву Екатерину сменил венецианский правитель, который носил звание лейтенанта: ему и двум его советникам — эти трое, известные как ректоры, были кипрским эквивалентом синьории — фактически принадлежала вся гражданская власть. Кроме того, был еще местный Большой совет, в который входила вся аристократия острова в возрасте старше двадцати пяти лет, и вдобавок некоторое число тех постоянно проживающих венецианцев, которые там обосновались; из этих последних аристократы избирались в совет сразу, остальные — при условии, что они не являлись ремесленниками — могли купить себе места после пяти лет постоянного проживания. Но функции совета были в основном избирательными, и даже в этом случае его решения должны были получить подтверждение ректоров.
Тогда как гражданское правительство находилось в Никосии, военный штаб находился в Фамагусте. Там располагался постоянный гарнизон из пехоты и кавалерии и базировался флот, командовал ими венецианский капитан — хотя во время войны его мог заменить проведитор-генерал, специально присланный из Венеции, чтобы принять на себя верховную власть. Фамагуста, в отличие от Никосии, была хорошо укреплена. Кроме того, исторически это был главный порт острова, хотя к 1570 году Салина (современная Ларнака) опередила его по торговому грузообороту.
Все население Кипра составляло около 160 000 человек и все еще жило при анахроничном феодальном строе, который республика почти не пыталась изменить. Во главе стояла аристократия, частично венецианская, но по большей части состоявшая из потомков семей французских крестоносцев, как, например, бывший королевский род Лузиньянов. Большая часть земель принадлежала им, но поскольку действовало право первородства, то постоянно росло число не имеющих собственности младших сыновей, которые часто создавали трудности правительству. Внизу общественной лестницы были крестьяне, многие из которых все еще были фактически крепостными и были обязаны служить своим хозяевам два дня в неделю. Для них, несмотря на исключительную плодородность острова, жизнь была борьбой за существование, и притеснения были ее неотъемлемой частью. Между этими двумя классами находились купечество и городская буржуазия — левантийская смесь греков, венецианцев, армян, сирийцев, коптов и евреев.