Ободренные падением Фамагусты и отбытием в Мессину фактически всего венецианского флота, турки к тому времени в большом количестве вошли в Адриатику; высадки в Корфу и в Далмации вызвали в Венеции растущий страх внезапного вторжения, перед которым город остался почти беззащитным. Однако при приближении объединенного флота турки быстро отступили на свои базы в Греции; они не хотели оказаться запертыми в узком море в окружении врагов. Таким образом, 6 октября турки вышли из Лепанто (современный Навпакт в Патрасском заливе), чтобы встретить приближающихся христиан.
Христиане были настроены решительно. Два дня назад, в Кефалонии, они услышали о падении Фамагусты и, в частности, о гибели Маркантонио Брагадино; их сердца были полны ярости и жажды мщения. В тот самый день, однако, произошел случай, который едва не оказался роковым. Испанский офицер и пара его подчиненных на галере Себастьяно Веньера оскорбили венецианцев, и в последовавшей драке несколько человек были убиты; Веньер, ни с кем не советуясь, по собственной инициативе, повесил виновных на верхушке мачты. Когда об этом было доложено дону Хуану, он впал в ярость и приказал арестовать капитана — команда, которая, будучи исполненной, вполне могла бы расколоть весь флот. К счастью, более благоразумные советы — возможно, данные Колонной — возымели действие, и Хуана убедили отменить приказ; но он никогда не простил Веньера. С тех пор все его сообщения венецианской эскадре были адресованы заместителю командующего.
Два флота встретились на рассвете 7 октября, в миле или двух восточнее от мыса Скрофа, у входа в Патрасский залив. Галеоны еще не прибыли, но дон Хуан был полон решимости сразу вступить в бой с врагом. Только слегка изменив боевой порядок — Барбариго и Дориа получили еще по десять галер каждый, — он выстроил свои корабли и двинулся в атаку. Турки ждали его, их флот, почти равный по силам с флотом союзников, образовывал огромный полумесяц, который простирался от одного берега залива до другого. Адмирал Али-паша командовал центральной эскадрой из восьмидесяти семи галер: на правом фланге был Мехмет Саулак, правитель Александрии, с пятидесятью четырьмя галерами; и слева, напротив Дориа, располагалась шестьдесят одна галера под командой Улуг Али.
Было около половины одиннадцатого, когда сражение началось с северной стороны линии баталии, где левый фланг дона Хуана под командой Барбариго вступил в бой с правым флангом Али-паши, которым командовал Саулак. Битва была жестокой, флагман Барбариго был одновременно атакован пятью турецкими кораблями, которые осыпали его стрелами, одной из которых венецианский адмирал был смертельно ранен в глаз. Его племянник, Марко Контарини, взял командование на себя, но через пять минут он тоже погиб. Тем не менее схватка закончилась полной победой христиан, которые под предводительством Федерико Нани и Марка Кверини в конце концов сумели прижать весь турецкий правый фланг к берегу. Турки покинули свои корабли и попытались спастись бегством в близлежащих холмах, но венецианцы преследовали их и рубили прямо на бегу. Саулак был взят в плен, но он уже был тяжело ранен и не прожил долго.