Наконец-то самые смелые амбиции Морозини реализовались, поскольку он не собирался отказываться от командования. 8 июля 1688 года он вывел флот, насчитывавший 200 кораблей, из Афинского залива и направился к следующей цели — острову Негропонт. Как и Крит, Негропонт достался Венеции в результате раздела Византийской империи после Четвертого крестового похода, и, несмотря на то, что Венеция уступила его туркам два столетия назад, в 1470 году, эта потеря все еще терзала ее. Теперь этот остров был хорошо укреплен, и турецкий гарнизон в 6000 солдат, даже если он не получит подкрепления, будет активно сражаться. Однако военные силы лиги превышали силы противника более чем в два раза, и ни у дожа-адмирала, ни у графа Кенигсмарка не возникало каких-либо серьезных сомнений по поводу того, что они вскоре овладеют этим островом.
Но небеса им не благоволили. Внезапно удача отвернулась от них, и вскоре после начала осады христианский лагерь поразила эпидемия. Мы не знаем, что это было, многие полагают, что дизентерия или малярия. В течение нескольких недель армия потеряла треть своих солдат, включая самого Кенигсмарка. В середине августа из Венеции прибыло подкрепление — 4000 воинов. Морозини решил продолжить осаду, но тут же поднялось восстание. Королевские войска из Брунсвика-Ганновера категорически отказались участвовать в военных действиях. Недовольство распространялось почти так же быстро, как эпидемия, и Морозини вынужден был уступить.
И даже сейчас он не мог позволить себе унизительное возвращение в Венецию. Еще одной победы, пусть и небольшой, было бы достаточно для того, чтобы честь Морозини не пострадала, а его подданные приветствовали бы его после происшедшего как героя. Крепость Мальвазия (Монемвазия) как нельзя лучше подходила для этой цели на юго-восточной оконечности Пелопоннеса, она была одним из немногих турецких опорных пунктов, расположенных на континенте. Но, увы, фортуна, которая улыбалась адмиралу, на дожа смотрела неодобрительно. К крепости, расположенной на очень высокой и практически неприступной скале, можно было пробраться лишь по узкой тропе, ширина которой была меньше ярда. Эта тропа оказалась бы бесполезной для армии, попавшей в окружение. Надеяться приходилось только на бомбардировку, и Морозини приказал соорудить две батареи. Однако болезнь поразила дожа еще до того, как все было завершено. Оставив командование на своего генерал-проведитора, Джироламо Корнаро, Морозини отправился домой в январе 1689 года, несчастный и больной. Ему оказали восторженный прием, но едва ли это могло порадовать Морозини. Он долго вызоравливал, находясь на своей вилле на материке.