Работы над Золотым алтарем, должно быть, еще продолжались, когда Венеция пострадала от первого из наводнений, которым она была подвержена на протяжении всей своей истории. Наводнения происходят от сочетания разных факторов — высоких приливов, сильных дождей, паводков, сильных и непрекращающихся юго-восточных ветров и других причин, которые лишь недавно были исследованы. Взятые отдельно, эти явления часто происходят и особых опасений не вызывают. Когда же они соединяются в одно целое, последствия бывают ужасными, в январе 1106 года это привело к катастрофе. Не следует доверять свидетельствам того времени о том, что сопутствовало наводнению — жара не ко времени, от которой впадали в безумие и человек, и зверь; зловещее громыхание в лагуне; рыба, в ужасе выпрыгивающая из-под воды; сверкавшие на небе метеоры. Венецианские наводнения драматичны и без этих предзнаменований. Вода сметает все на своем пути. От города Маламокко, бывшей столицы Венецианской лагуны, оплота, триста лет назад героически спасшего острова Риальто, не осталось ни единого камня. Размылась сама земля, на которой стоял Маламокко, и в XVIII веке во время отлива на дне лагуны еще можно было увидеть развалины домов и церквей. Те, кто выжил, бежали, прихватив с собой городские сокровища, которые еще Можно было спасти, в том числе и драгоценную реликвию — голову святого Фортуната. Ее доставили на Кьоджу, куда вскоре после этого перенесли и старую епархию. Спустя много лет люди вернулись на Лидо, построили новый Маламокко и защитили остров от наводнений, укрепив его.
Несмотря на сильные разрушения, жители Риальто радовались тому, что удалось выжить, однако ужасный 1106 год еще только начался. Через несколько дней в одном из домов рядом с церковью Санти Апостоли вспыхнул пожар, перекинувшийся на другие здания. Прежде чем с ним удалось справиться, он уничтожил шесть приходов. 6 апреля того же года произошло еще одно, более сильное возгорание. Пожар стер с лица земли не менее двадцати четырех городских церквей. Некоторое представление о силе огня и ветре, раздувшем пламя, можно получить из того факта, что по меньшей мере один из потоков пламени пересек Большой канал.[58] Не следует забывать, что в те времена небольшие церкви и почти все частные дома Венеции оставались деревянными. Только благодаря тому, что собор Сан Марко и Дворец дожей были построены из камня и мрамора, пострадали они не слишком сильно. С тех пор, однако, использование дерева для строительства везде, кроме самых бедных кварталов, не одобрялось. Разрушенные церкви восстановили из мелкого красного кирпича и твердого белого камня, привезенного из Истрии, — пусть дорого, зато крепко. Это и теперь основные строительные материалы в Венеции.