Расшифровка записей МСРП-12 позволила главному аэродинамику туполев-ской фирмы Г.А.Черемухину, с первых дней участвовавшему в расследовании катастрофы, выдвинуть версию, с которой на сегодня согласилось большинство специалистов и которая, хоть и не признана официально, считается наиболее вероятной. Версия основана на том, что на разбившемся самолете был установлен экспериментальный электронный блок выработки дополнительных сигналов в системе улучшения устойчивости и управляемости. Блок мог самостоятельно давать команды на отклонение рулевых поверхностей самолета, причем в соответствии с алгоритмом, заложенным в систему управления, он должен был включаться в работу только при убранном положении переднего крыла. Согласно документации, этот блок считался отключенным еще на заводе путем отсоединения штепсельных разъемов, но есть много свидетельств, что этого сделано не было. Блок был отключен лишь при помощи переключателей на пульте, расположенном на спинке кресла командира экипажа, закрыт крышкой и опломбирован. Однако, когда пульт был найден после катастрофы, крышка и пломба оказались снятыми, и это не было следствием удара о землю.
По мнению Г.А.Черемухина, события развивались так. 2 июня «Конкорд» выполнил очень эффектный демполет. Желая показать Ту-144 с самой лучшей стороны, командир экипажа В.М.Козлов и ведущий инженер Б.М.Первухин для улучшения управляемости при выполнении крутых виражей решили включить в работу один из двух каналов экспериментального блока, улучшающий характеристики поперечного управления. Ранее работа этого канала была опробована на первом серийном Ту-144 и получила положительную оценку. Крышка с пульта на спинке сиденья была снята, и один из тумблеров включен. Второй канал, тумблер включения которого находился рядом, отвечал за продольное управление и на Ту-144 еще не проверялся. Полет 2 июня прошел, в целом, нормально. Вечером этого дня, после долгих споров руководство ОКБ и МАП принимает решение попытаться «переплюнуть» демполет «Конкорда», для чего выполнить в конце полета Ту-144 еще один, дополнительный проход над ВПП и крутую «горку». При выполнении этого полета по неизвестным причинам тумблер продольного управления на пульте тоже был включен. То ли его случайно задел В.Н.Бендеров, занятый киносъемкой, то ли он был включен еще 2 июня - сейчас это установить уже невозможно. Вмешательство экспериментального блока, который то включался, то выключался при уборке и выпуске переднего крыла, и привело к такой перекладке элевонов, которая сначала загнала самолет в пикирование, а затем вывела на предельную перегрузку.