Анализ «Альмагеста» привел Р. Ньютона к поразительным результатам: многие астрономические данные «Альмагеста» совершенно не соответствовали астрономической действительности 140 года н. э. и вообще эпохе начала новой эры, когда якобы жил Птолемей. Обнаружив это несоответствие, Р. Ньютон в конце концов пришел к выводу, что это не действительные данные астрономических наблюдений II века, а результат математических вычислений Птолемея, то есть данные, как ему казалось, были поддельные. В связи с этим Р. Ньютон опубликовал нашумевшую книгу «Преступление Клавдия Птолемея».
А. Т. Фоменко проверил расчетные данные Р. Ньютона. Они были абсолютно верными. Но неужели Клавдий Птолемей жестоко пошутил, выдав свои расчеты за действительно наблюдаемое состояние звездного неба, и дурачил мир на протяжении многих веков? Чутье подсказывало исследователю, что здесь что-то не так. Он обратился к известным историкам с предположением («глупым вопросом»): может быть, в исторической науке напутано в хронологии и Птолемей жил не во II веке, а, скажем, в XII?
Ответ историков был однозначным: этого не может быть, сомневаться в традиционной хронологии древности нет никаких оснований.
Ситуация казалась тупиковой. Но А. Т. Фоменко знал, что русский ученый Н.А Морозов в начале нашего века составил свои астрономические таблицы, куда входили и данные о древних затмениях Солнца. Когда исследователь-математик взял его таблицы, заменил традиционные даты на морозовские и повторил вычисления Р. Ньютона, он был изумлен. Все встало на свои места. В частности, график «D» радикально изменился и принял нормальный вид. Вывод был поразительный: Клавдий Птолемей ничего не подделывал, никого не дурачил, он просто жил не во II веке, а гораздо позже — не ранее VII века. Историки ошибались на несколько веков. Но этого не могло быть, как утверждали историки.
А. Т. Фоменко и его коллеги стали изучать работы Н. А. Морозова. Изучая историю проблемы, академик Фоменко выяснил, что Н. А. Морозов был не единственным и даже не первым, кто сомневался в правильности существующей хронологии и точности освещения истории. Так, немецкий ученый Р. Балдауф издал в 1903 году книгу «История и критика», в которой доказывал, что не только древняя, но и ранняя средневековая история — фальсификация эпохи Возрождения и последующих за ней веков.
О фальсификации истории писали профессор Саламанкского университета де Арсилла еще в XVI веке, историк и археолог иезуит Жан Гардуин в XVII веке. Они доказывали, что вся история сочинена в средние века.