Пять кенигсбергских мастеров работали до 1770 года, когда комната была объявлена законченной. Императрица Елизавета была так восхищена, что взяла за правило использовать эту комнату, чтобы производить впечатление на иностранных послов. Комната также служила кунсткамерой, кабинетом, где хранилась коллекция редкостей, принадлежащая ей и последующим царям, местом, где могли выставляться царские сокровища. В 1765 году семьдесят предметов из янтаря — сундучки, подсвечники, табакерки, блюдца, ножи, вилки, распятия и дарохранительницы — украсили комнату. В 1780 году был добавлен угловой столик, инкрустированный янтарем. Последнее украшение появилось в 1913 году — янтарная корона на подушке, купленная царем Николаем II.
Невероятно, но панели пережили 170 лет и большевистскую революцию. Реставрационные работы проводились в 1760, 1810, 1830, 1870, 1918, 1935 и 1938 годах. Обширная реставрация была запланирована на 1941 год, но 22 июня 1941 года немецкие войска вторглись в Советский Союз. 14 июля гитлеровская армия захватила Белоруссию, большую часть Латвии, Литву и Украину, дойдя до реки Луга, которая протекает менее чем в ста милях от Ленинграда. 17 сентября нацистские войска заняли Царское Село, дворцы и окрестности, включая Екатерининский дворец, который стал при коммунистах государственным музеем.
За несколько дней до оккупации работники музея поспешно отправляли все мелкие предметы из Янтарной комнаты в Восточную Россию. Но сами панели снять оказалось невозможно. В попытке спрятать их был наклеен слой обоев, но эта маскировка никого не обманула. Гитлер приказал Эриху Коху, гауляйтеру>[16]Восточной Пруссии, вернуть Янтарную комнату в Кенигсберг, где, по мнению Гитлера, было ее место по праву. Шесть человек в течение тридцати шести часов демонтировали панели, и двадцать тонн янтаря были тщательно упакованы в деревянные ящики и отправлены на запад колонной грузовиков, а потом по железной дороге и в результате установлены в Кенигсбергском дворце вместе с обширной коллекцией произведений искусства Пруссии. В 1942 году германские газеты объявили это событие возвращением сокровища на родину, на те берега, где янтарь был рожден и добыт. Были выпущены открытки с изображением восстановленной комнаты. Выставка стала наиболее популярной экспозицией среди всех нацистских музеев.
Первая бомбардировка союзниками Кенигсберга произошла в августе 1944 года. Некоторые зеркальные пилястры и несколько янтарных панелей поменьше были повреждены. Что произошло позже, неясно. Примерно между январем и апрелем 1945 года, когда советская армия подошла к Кенигсбергу, Кох приказал упаковать панели и спрятать их в подвале ресторана «Блютгерихт». Последний германский документ, упоминающий Янтарную комнату, датированный 12 января 1945 года, указывает, что панели были упакованы для транспортировки в Саксонию. В какой-то момент Альфред Роде, хранитель Янтарной комнаты, руководил погрузкой ящиков в грузовики. Эти ящики последний раз видели 6 апреля 1945 года, затем колонна грузовиков покинула Кенигсберг.