Но в это время на новгородскую кафедру был поставлен архимандрит Московского и Чудова монастыря, ревностный поборник Православия преподобный Геннадий. Новый архиепископ был по словам Степенной книги, "муж сановитый, мудрый, добродетельный, сведующий в Писании". Вскоре по прибытии к пастве он открыл существование тайного общества еретиков и донес о нем великому князю и митрополиту, а сам приступил к розыску. В Новгороде еретики присмирели, но в Москве ересь продолжала укрепляться – с "диким нечестием и страшными мерзостями разврата", по словам церковного историка[24]. В 1491 году митрополитом Московским стал Зосима, тайный приверженец ереси.
Еретики заприметили его давно, еще когда он был архимандритом Симоновского монастыря: Протопоп Алексей, втершийся в доверие государю, указал Иоанну III на Зосиму как на самого "достойного" преемника почившего митрополита Геронтия. Новый еретичествующий митрополит был предан обжорству и плотским страстям. Когда вино делало его откровенным, он высказывал мысли соблазнительные и богохульные: что Христос сам себя назвал Богом, что евангельские, апостольские и церковные уставы – все вздор, иконы и кресты – все равно что болваны…
Против нечестивого митрополита восстал со святою ревностью преподобный Иосиф Волоцкий. "В великой церкви Пречистой Богородицы, на престоле св. Петра и Алексея, – писал он, – сидит скверный, злобесный волк в пастырской одежде, Иуда Предатель, бесам причастник, злодей, какого не было между еретиками и отступниками… Если не искоренится этот второй Иуда, то мало-помалу отступничество утвердится и овладеет всеми людьми. Как ученик учителя, как раб государя молю, – взывал преподобный Иосиф к православным пастырям, – учите все православное христианство, чтоб не приходили к этому скверному отступнику за благословением, не ели и не пили с ним".
Обличения Иосифом еретика-митрополита и труды архиепископа Геннадия сделали свое дело. На соборе 1494 года стараниями двух этих святых подвижников Зосима был лишен кафедры за ересь жидовства, разврат, пьянство и кощунство. Но до искоренения самой ереси было еще далеко. К ее покровителям прибавилась княгиня Елена, невестка Иоанна III, мать наследника престола малолетнего царевича Дмитрия.
В обличение еретиков преподобным Иосифом было написано шестнадцать "Слов", известных под общим названием "Просветитель". Со временем его подвижническая деятельность начала приносить плоды. Чаша весов стала постепенно склоняться в пользу ревнителей благочестия. В 1500 году опала постигла Феодора Курицына. В 1502 году Иоанн III положил опалу и на княгиню Елену с Дмитрием, посадив их под стражу. Наконец в 1504 году состоялся собор, на котором ересь была окончательно разгромлена, а главные еретики осуждены на казнь.