15 августа последовал приказ прекратить поиски. Впоследствии лейтенант Ларионов вспоминал: «…Осталось неосмотренным пространство площадью в 7,2 квадратные морские мили, и, по-моему, это пространство наиболее важно, так как оно значительно дальше от плавучего (Эрансгрундского. — В.В.) маяка. Большая часть осмотренного нами района, я думаю, и не могла похоронить у себя „Русалку“, так как в таком случае надо предположить, что она могла пройти почти незамеченной мимо маяка, что трудно допустить, даже принимая во внимание пасмурность».
Почему были прекращены поиски именно тогда, когда оставался необследованным как раз наиболее вероятный район нахождения затонувшего броненосца, можно только догадываться. Скорее всего, видя, что ажиотаж вокруг пропавшего без вести броненосца начал понемногу утихать, флотское начальство предпочло заняться делами более насущными. В конце концов генерал-адмирал великий князь Алексей Михайлович объявил:
— Задействовав все возможные силы и средства, я убедился, что «Русалку» отыскать немыслимо, если на помощь не придет сверхъестественное счастье.
Поиски броненосца закончились, однако расследование по факту его гибели только набирало обороты. В начале особой комиссией был произведен анализ технического состояния погибшего корабля, итогом которого стал соответствующий акт. Документ гласил, что по своему состоянию «Русалка» была вполне пригодна для плавания в прибрежной зоне еще в течение 18 лет. В 1891 году «Русалка» была поставлена в док, где были произведены необходимые корпусные работы. Тогда же на броненосец поставили новые котлы, рассчитанные на работу в течение 8–9 лет. Водоотливные средства были в полной исправности, их было достаточно, чтобы удалять воду, которая собиралась в трюме через щели в броневых болтах. Из официального заключения следственной комиссии о техническом состоянии «Русалки»: «…Корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет, находится в той степени исправности, которая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде и имевшего возможность совершить свой переход к месту назначения и обратно при самых лучших условиях погоды… машина, котлы и водосливные средства… находились в исправном состоянии, которое само по себе, без содействия каких-либо побочных обстоятельств, не могло быть причиною гибели броненосца».
После предварительного расследования лично императором Александром III было велено назначить суд по делу «Русалки». В его состав вошли два военно-морских судьи, четыре временных члена в вице-адмиральских и контр-адмиральских чинах, в том числе начальник управления кораблестроения и старший морской флагман Балтийского флота. Председателем суда был определен опытнейший моряк вице-адмирал Пилкин 2-й. Обвинителем выступал младший флагман флота контр-адмирал Скрыдлов. Судебные заседания проходили в Кронштадте с 28 по 30 января 1894 года.