Год спустя, после неудачных попыток найти приемлемый способ самоуправления российских приходов, 11/24 февраля 1995 г., Архиерейский Синод РПЦЗ неканонично запретил в священнослужении сразу пять епископов Российской Церкви. Это запрещение было незаконным еще и потому, что было совершено без требуемого канонами церковного суда Тем самым Синод РПЦЗ сделал попытку узурпировать власть над Катакомбной Российской Церковью, власть, принадлежащую лишь Всероссийскому Поместному Собору.
В результате произошел раскол между Архиерейским Синодом РПЦЗ и Российской Церковью. Единство российской и заграничной частей Российской Поместной Православной Церкви – с 1921 по 1990 г духовное, а с 1991 по 1994 г еще и административное – оказалось расторгнуто по вине Зарубежного Синода, взявшего курс на сближение с РПЦ МП и видевшего препятствие в лице собственных российских приходов и восстановленных епархий Катакомбной Церкви. Незаконные действия иерархов РПЦЗ в отношении Церкви в России поставили сам Зарубежный Синод на грань канонического раскола На Архиерейском Соборе РПЦЗ в 1994 г был официально провозглашен «новый курс» РПЦЗ, что, в частности, выразилось в соборном принятии экуменического учения греческого митрополита Киприана и в общении с официальной Сербской Патриархией – членом экуменического Всемирного Совета Церквей.
В 1995 г архиепископ Лазарь и епископы Вениамин и Агафангел вернулись в РПЦЗ, а в РПСЦ осталось лишь три архиерея во главе с архиепископом Валентином В мае 1995 г Суздаль посетил многолетний управляющий делами Архиерейского Синода РПЦЗ, известный церковный историк и канонист епископ Григорий (Граббе). Он полностью поддержал решения российских архиереев о выходе из административного подчинения Зарубежному Синоду ради сохранения чистоты веры и святых канонов.
Между тем в результате постоянных встреч архиепископа Берлинского Марка (РПЦЗ) с руководством МП (в частности, с самим Патриархом Алексием II) между МП и Синодом РПЦЗ была достигнута договоренность о лишении священного сана епископа Валентина, который был помехой в деле воссоединения РПЦЗ с МП Российские архиереи признали эти действия не имеющими никакого канонического значения, поскольку они были направлены против священнослужителей, не состоявших в клире РПЦЗ Епископ Григорий (Граббе) еще в 1994 г в своем докладе Митрополиту Виталию назвал подобные запрещения «беспрецедентным беззаконием».
В октябре 1998 г РПСЦ была перерегистрирована Минюстом РФ под названием «Российская Православная Автономная Церковь» (РПАЦ) В настоящее время в состав епископата РПАЦ входят 12 епископов Глава Церкви в марте 2001 г. был возведен в сан митрополита.