Первоначально захват ВМБ Ханко предполагалось осуществить шхерным флотом совместно с 17-й пехотной дивизией усиленной артиллерийскими и саперными частями. Однако 17 июня большая часть сил дивизии отозвали из района Ханко и вместо нее создали «Ударную группу Ханко». В состав последней вошли 55-й пехотный полк 17-й дивизии, пехотные, артиллерийские и инженерные части со средствами усиления 1-й, 3-й и 5-й бригад береговой обороны общей численностью более одной пехотной дивизии. Артиллерия ударной группы располагалась на островах и материке и состояла из двух 305-мм, тридцати одного — 152-мм, двадцати трех — 120-122-мм, двадцати восьми 84-мм орудий береговой и полевой артиллерии, пятнадцати зенитных батарей и значительного числа крупнокалиберных зенитных пулеметных установок.
В группировку Б (отдельный отряд флота) вошли: 1-я полуфлотилия торпедных катеров (5 единиц), 2-я полуфлотилия сторожевых катеров (5 единиц); флотилия подводных лодок (5 единиц); группа надводных минных заградителей (2 единицы); группа тральщиков (10 единиц); группа минных катеров (4 единиц); группа сторожевых катеров (4 единицы); группа кораблей связи (2 единицы) и две плавучие базы. Руководство боевыми действиями отдельного отряда флота командующий ВМС Финляндии генерал-лейтенант В. Вальве принял непосредственно на себя. Ответственность за боевую подготовку возлагалась на командующего флотом. Корабли базировались на ВМБ Хельсинки и порты Финского залива, снабжение обеспечивали военно-морские базы Хельсинки и Турку. Основными задачами отдельного отряда флота являлись защита шхерной коммуникации и ведение активных действий на сообщениях советского флота в Финском заливе.
Состав своей береговой обороны финны довели до 7 бригад, из них одна бригада (6-я) обороняла побережье Ботнического залива, три бригады (4-я, 5-я и 7-я) — район Аландских островов и три бригады (1-я, 2-я и 3-я) — Финского залива. Каждой бригаде для траления и охраны фарватеров придавались сторожевые корабли, катера и вспомогательные суда. Всего в береговых бригадах насчитывались 18 сторожевых кораблей и 87 катеров, из которых только 4 сторожевых корабля и 15 катеров находились в составе 6-й береговой бригады, оборонявшей Ботнический залив. Все береговые бригады, кроме 5-й и 7-й, подчинялись непосредственно командующему военно-морскими силами.
Военно-воздушные силы Финляндии к началу войны имели 307 боевых самолетов, в том числе: 230 истребителей и более 30 бомбардировщиков. Командующему флотом предоставлялось право ставить задачи на авиационную разведку морских районов.