Ди придерживался философской традиции неоплатонизма, которая в елизаветинскую эпоху стала приходить в упадок, но в интеллектуальных кругах все еще имела определенный вес. Развитие гуманизма эпохи Ренессанса сопровождалось открытием греческих текстов и возрождением философии Платона.
Ди писал: «Из тех, кто посвящает себя философии, вы едва ли сможете назвать одного, у которого было бы даже начальное представление о фундаментальных естественных науках».
С приходом Реформации в Англию гуманистическая традиция стала по-английски холодной. Она не принимала Джона Ди, ибо его алхимия, платонизм и мистицизм казались разрушительными. Многие боялись этого мага. За всем, что связано с магией, прочно закрепился антихристианский смысл. Произошла узурпация термина, после чего потерялся его первоначальный смысл и затруднилось его использование. А все началось с магнитного камня железняка Magnetis lithos, найденного в древнем малоазиатском городе Магнесии. С тех пор за свойствами магнетизма закрепился образ невидимой силы притягивания или отталкивания. Потом это понятие было перенесено на человека и животных и их способность притягивать или отталкивать, действующую, как сказали бы мистики, на тонком плане. Человек постоянно пользуется этой силой, притягивает, очаровывает — и это нормально. И нет ничего порочного в том, что человеку даны средства и возможность усиливать свой магнетизм. Наиболее знаменитым магом считался Зороастр, которым восхищался Платон. В древности слова «маг», «волхв», «мудрец», «философ», «богослов» были синонимами. К этой категории людей относились также врачеватели. Музыка — та же магия: и инструменты в руках музыкантов, и палочка дирижера, конденсирующая его волю, и переживания исполнителей и слушателей — все наполнено мистическим смыслом.
Джон Ди олицетворял мага эпохи Возрождения в его полнейшем величии. Пико делла Мирандола так описывает власть мага в работе «Речь о достоинстве человека»: «О величайшее благородство Бога-Отца! О высочайшее непостижимое счастье человека! Ему даровано иметь все, что он выберет, быть всем, чем он желает. Человеку, когда он пришел в жизнь, Отец даровал семена всех видов и зачатки любого образа жизни. Какие семена сам человек возделает, те и достигнут полного развития и принесут плоды. Если они будут вегетативными, человек будет как растение. Он может быть восприимчивым, жестоким, великолепным существом, интеллектуальным, ангелом и сыном Бога».
В этом заключалась алхимическая традиция эпохи Возрождения — в увеличении силы человека, его интеллектуальных способностей, красоты и в стремлении стать рядом с Богом.