Но проблема взаимоотношений все-таки возникла. Но, если источником этой проблемы не были ни Государь, ни митрополит, возникает закономерный вопрос: так кто же был источником этой проблемы? Если источник не был внутри, значит, он был снаружи. Если конфликт не был вызван внутриличностными причинами, то, значит, он спровоцирован извне. Кем спровоцирован и для чего? И кто был заинтересован в убийстве Филиппа? Задаем традиционный вопрос: кому выгодно?
Вот здесь мы переходим ко второму обстоятельству, связанному с взаимоотношениями между государем и митрополитом Филиппом.
Существовала группа людей, кому смерть митрополита Филиппа была выгодна и необходима.
Главным из них был архиепископ Новгородский Пимен, мечтавший занять место Филиппа. Большую роль сыграл царский духовник Евстафий, который, видя добрые отношения Государя и первосвятителя, боялся потерять расположение Царя. Среди заговорщиков были также Пафнутий — епископ Суздальский и Филофей Рязанский.
Тактика интриги группы заговорщиков, стремящихся к власти и влиянию, была проста: лгать Царю про митрополита, а святителю клеветать на Царя. При этом главным было не допустить, чтобы недоразумение разрешилось при личной встрече. Кроме того, надо было найти предлог для удаления святителя Филиппа. Время шло, и злые семена лжи давали первые всходы. Царю удалось было внушить, что Филипп, вопреки обещанию, стремится вмешиваться в государевы дела.
Чтобы найти лжесвидетелей для суда над Филиппом, отправились в Соловецкий монастырь, где Филипп ранее был игуменом. За лжесвидетельство новому игумену Паисию пообещали епископскую кафедру. Обвинения выдвигались смутные и запутанные, и так как никакой серьезной провинности найти не смогли, то предъявили обвинения, касавшиеся жизни Филиппа еще в монастыре. Суд, возможно, сбил Царя с толку, митрополит с кафедры был сведен и отправлен на покой со щедрым содержанием — намека на «смертельный» гнев государя не просматривается ни в одном источнике. Но в 1569 году во время опричного похода на Новгород, опальный митрополит стал опасен — не для Царя, конечно, а для того же архиепископа Пимена, уже подписавшего грамоту вместе с другими заговорщиками о передаче Новгорода под власть короля Сигизмунда. В ходе расследования, которое должно было вот-вот начаться, могли вскрыться связи Пимена с московской боярской группой, поддерживающей «ересь жидовствующих» и замешанных в заговоре. С помощью именно этих лиц Филипп был лишен митрополии. В связи с этими обстоятельствами возникла необходимость его устранить. Малюта Скуратов и вправду был послан к митрополиту, возможно, за какими-либо сведениями о Новгородском деле — но в живых его уже не застал. Он приехал