Затем начался подъем. Самодельные лебедки уже приподняли F-4 на несколько метров над грунтом, как вдруг лопнул один из тросов. Спасатели попытались завести новый, но разразившийся шторм оборвал остальные тросы, и лодка ушла на дно, зарывшись в ил. Чтобы уменьшить растяжение тросов, в среднюю часть каждого стропа вставили по куску якорной цепи длиной 27 м. Все это значительно затянуло работы, и завести под лодку новые тросы удалось лишь спустя три недели.
Следующая попытка оказалась настолько успешной, что спасателям удалось отбуксировать F-4 к самому входу в Пирл-Харбор, где глубина достигала всего 15 м. Там ее осторожно опустили на дно. Очередной шторм вынудил импровизированную спасательную флотилию уйти в укрытие. Когда они возвратились, обнаружилось, что корпус лодки в районе одного из стропов разрушился.
Теперь в случае любой неполадки лодка рухнула бы на дно прямо в центре гавани Пирл-Харбора. Поэтому спасатели решили поискать для проведения окончательного этапа операции какой-нибудь иной способ. И он был найден. Фарер изобрел метод, ставший впоследствии стандартным при подъеме затонувших подводных лодок: он заключался в использовании погружаемых понтонов. Поскольку подобных конструкций в те времена вообще не существовало, Фарер заказал на одной калифорнийской военно-морской верфи четыре стальных понтона длиной 9,75 м и диаметром 3,6 м. Суммарная подъемная сила понтонов равнялась 420 т, т. е. намного превышала массу лодки. Но здесь не было ошибки в расчете: Фарер хорошо понимал, что поврежденный корпус лодки теперь быстро заполняется илом. Когда понтоны были доставлены, сквозь их клюзы пропустили подъемные тросы, заполнили водой отсеки, и понтоны погрузились на дно к лежавшей там лодке.
29 августа понтоны начали продувать сжатым воздухом, вытеснявшим из них воду, и через два часа F-4 всплыла на поверхность.
Как показали результаты произведенного затем осмотра лодки, 16 моряков из экипажа в 22 человека пытались найти спасение в кормовом отсеке, однако его водонепроницаемая дверь не выдержала давления воды. Удалось выяснить также причину гибели лодки. Кислота из аккумуляторных батарей каким-то образом просочилась сквозь защитную свинцовую облицовку переборки главной балластной цистерны, в результате чего в аккумуляторный отсек через разъеденную кислотой переборку проникла вода. В момент погружения лодки ее дифферент изменился, и она пошла ко дну. Так закончилась первая в истории операция подъема затонувшей подводной лодки. Первая, но, увы, далеко не последняя.