В период Гражданской войны биография Крыгина прослеживается по документам весьма неполно. Как и Рагозину, ему довелось послужить и у красных, и у белых. В апреле 1918 г. Крыгин командовал Школой воздушного боя в Красном Селе. Однако затем появляется уже в стане белых. 25 декабря 1918 г. старшему лейтенанту Крыгину, служившему в Донском авиационном дивизионе, присвоили чин капитана 2-го ранга. Можно предположить, что на Дону Крыгин оказался, взяв отпуск по какой-либо причине. Прибыв домой и обнаружив, что родные места заняты антибольшевистскими силами, он мог быть мобилизован как офицер, либо мог уйти к белым сознательно. Чин старшего лейтенанта Михаил Андреевич, скорее всего, получил в Донской авиации, так как в списке офицеров флота, вышедшем в 1917 г., он числится лейтенантом. На наш взгляд, казачье происхождение и последующая служба у белых вплоть до самой эвакуации свидетельствуют скорее о сознательности его выбора.
С выходом русских частей к Черному морю у Крыгина появилась возможность вернуться в свою родную стихию — гидроавиацию. Об этом свидетельствуют следующие строки из рапорта морскою летчика лейтенанта Корниловича помощнику инспектора авиации Добровольческой армии полковнику Гаусману от 14 января 1919 г: «…из войска Донского вызывается старший лейтенант Крыгин для общего заведывания гидроавиацией [Черного моря. — Н.К]…» Упоминание о Крыгине как о старшем лейтенанте свидетельствует о том, что приказ командования Добровольческой армией мог быть еще неизвестен в этот момент на Черном море. Во всех последующих документах Крыгин именуется капитаном второго ранга. Будучи по выпуску из Морского корпуса на год младше коллег Рагозина и Марченко, Крыгин смог сделать в период Гражданской войны более удачную карьеру по сравнению с ними…
С занятием Севастополя белыми войсками появились надежды на скорое возрождение Черноморскою флота. Правда, этому противодействовали «союзники», страны Антанты, чьи корабли находились в черноморских портах. Их интересовала прежде всего собственная выгода, а не воссоздание русской морской мощи. Тем не менее восстановление уничтоженных войной и разрухой гидроавиационных частей входило в планы русского командования. В документах, относящихся к февралю 1919 г., имеются сведения о предполагаемом формировании на Черном море трех гидроавиационных отрядов, в том числе одного для Перекопа, второго для Сочи или Туапсе, а также одного или двух отрядов для Каспия[147]. Однако из-за отсутствия материальной части этим весьма смелым проектам не было суждено осуществиться.