Весной 1919 г., после ухода немецких частей из Украины, большевики начали наступление на Крым, и союзники приняли решение об эвакуации Севастополя. Во время эвакуации они разграбили и привели в негодность значительное количество русских кораблей и имущества. Досталось и гидроавиации. Например, Варнек сообщал: «Французы занялись приведением в негодность орудий береговых батарей и разгромили базу гидроавиации, уничтожив все самолеты. Оставшиеся в их распоряжении десять летчиков с капитаном 2-го ранга Крыгиным во главе, которые по заданию французского начальника войск вылетали на разведки, получили разрешение погрузиться на транспорт „Почин“, на котором был поднят греческий флаг, ушедший в Пирей с беженцами-греками».
Однако в июне 1919 г. ВСЮР вновь заняла Севастополь и Крым, затем и большую часть Украины. Оставшиеся русские корабли вернулись в Севастополь, и забрезжила надежда на победу над большевиками. В этот период и вернулся из кратковременной эмиграции Крыгин, продолжив службу в гидроавиации Черноморского флота. Как говорилось выше, о ее структуре в период Гражданской войны известно очень и очень мало. Поэтому, какие должности занимал в ней Крыгин в разные периоды ее существования, до сих пор неизвестно. Известно, что в течение 1919 г. он командовал 1-м Добровольческим морским авиаотрядом в Севастополе. В Крыму Крыгин пробыл вплоть до самой эвакуации, произошедшей в ноябре 1920 г. Вместе со многими чинами Черноморского флота он оказался в Бизерте, где с января 1921 г. находился на эсминце «Дерзкий», занимая должность старшего офицера этого корабля. В 1922 г., по-видимому, последовав примеру боевого товарища Рагозина, Крыгин покинул эскадру и продолжил свою летную и боевую биографию в рядах испанской авиации.
19 июня 1922 г. Крыгин прибыл в Малагу, а с июля началась его служба в авиации. За боевые заслуги во время войны в Марокко 1 января 1924 г. он был произведен в сержанты, а ровно через пять месяцев — в «зауряд-офицеры» («suboficial»). 26 июня 1926 г. Крыгин получил чин младшего лейтенанта, ровно через пять лет — лейтенанта
В некрологе, опубликованном в «Бюллетене Общества бывших Русских Морских Офицеров в Америке» от 24 апреля 1938 г., о жизни Крыгина в Испании сообщалось следующее: «В 1922 г., получив приглашение на службу в Испанию, Михаил Александрович [так в тексте, здесь и далее правильно читать — Андреевич. — Н.К], выезжает туда вместе со ст[аршим] лейтенантом И. Рагозиным и ныне погибшим В. Марченко. Принятые по недоразумению за шпионов, они попадают в тюрьму, но освобождаются капитаном Франко, братом генерала. Михаил Александрович, в должности инструктора школы высшего пилотажа, обучает капитана Франко… В войне с арабами в Мароко, Михаил Александрович получает ряд боевых наград. После войны, владелец германской фирмы Дорнье лично предлагает русскому морскому офицеру М.А. Крыгину быть его летчиком-представителем по сдаче аппаратов в ряде стран. Зимой 1929–30 г. М.А. Крыгин попадает в Нью-Йорк и, в течение своего пребывания в Америке, состоит членом нашего Общества