Этот шаг вызвал резкий протест союзных посольств, и правительство вскоре вернулось к исполнению своих обязанностей. Зато самого Чаплина отправили в «ссылку»: ему запретили покидать деревню Исакогорка близ Архангельска. Впрочем, уже весной 1919 г. он командовал 4-м Северным стрелковым полком и был награжден британским орденом «За выдающиеся заслуги». Вскоре Чаплин получил чин капитана 1-го ранга и назначение на пост командующего действующими в Северной области речными и озерными флотилиями. В конце 1919 — начале 1920 г. Чаплин командовал Морским стрелковым полком, частично сформированным из матросов речных флотилий, не действовавших в зимний период.
После падения Северного фронта в феврале 1920 г. Чаплин покинул Архангельск вместе с эвакуирующимися морем частями на яхте «Ярославна» (он занимал должность ее коменданта). Местом эмиграции Чаплин выбрал Англию. В межвоенный период он не очень активно участвовал в т. н. «общественной жизни» русской колонии: «…эмигрантская политика, споры и раздоры казались ему настолько ничтожными по сравнению с задачами, которые стоят перед нами, что он оставался в стороне от всего». В 1930 г. Чаплин стал председателем «Союза участников Гражданской войны в Англии», входившего в 1-й отдел РОВС, т. е. фактически он стал английские представителем этой главной эмигрантской военной организации.
С началом Второй мировой войны Чаплин обратился в британский Генеральный штаб с предложением по организации русского добровольческого корпуса. По замыслу Чаплина, корпус предназначался для борьбы против Германии, а при благоприятном стечении обстоятельств, — и против СССР. Но этим планам, как и многим другим аналогичным проектам, не было суждено сбыться, и Чаплин поступил на службу в английскую армию в чине майора. Он занял должность командира 120-й роты Королевского корпуса пионеров (саперов). Первоначально Чаплин и его подчиненные занимались строительством укреплений на Шетландских островах.
6 июня 1944 г., во время знаменитой десантной операции по высадке войск союзников в Нормандии, находившаяся под командованием бывшего русского моряка часть оказалась отрезана от основных сил. Однако благодаря искусному маневру, разгромив преграждавшие ему путь немецкие подразделения, Чаплин соединился с главными силами. За этот подвиг он один из немногих во всем Корпусе пионеров получил младшую степень ордена Британской империи. В июле 1944 г. британский командующий фельдмаршал Монтгомери предложил Чаплину возглавить формирование, созданное из ранее находившихся в составе немецких войск бывших красноармейцев. Однако часть так и не сформировали, а захваченных англичанами в плен бывших бойцов Красной армии, впоследствии выдали СССР.