Главной реформой можно, пожалуй, назвать учреждение в 1906 г. Морского генерального штаба (МГШ) — высшего оперативно-стратегического органа управления Российского флота. До этого центральным органом военно-морского управления являлся Главный морской штаб (ГМШ). В ведении этого учреждения находились абсолютно все вопросы организации и подготовки флота в строевом и боевом отношении. Такое положение привело к тому, что, сочетая в себе множество функций, ГМШ не мог осуществлять перспективное планирование военно-морского строительства и оперативное руководство силами флота Вопрос о создании МГШ был выдвинут по инициативе группы молодых офицеров флота, один из которых, лейтенант А.Н. Щеглов, подготовил записку «Значение и работа штаба на основании опыта русско-японской войны», сыгравшую важную роль в процессе реформирования морского министерства Основными задачами вновь созданного МГШ стало «составление плана войны на море и мероприятий по организации боевой готовности морских вооруженных сил Империи». В ведении же ГМШ оставались вопросы учета личного состава, мобилизационная, строевая часть и боевая подготовка флота.
Активные реформы морского ведомства начались с назначением в марте 1911 г. морским министром Российского Императорского флота вице-адмирала И.К. Григоровича, обладавшего высокими личными качествами и большим служебным опытом
10 октября 1911 г. было утверждено «Временное положение об управлении Морским ведомством», действовавшее до Февральской революции 1917 г. Оно внесло значительную простоту и ясность в систему руководства флотом и исправило многие недостатки старой системы управления, существовавшей с 1886 г. Основу проведенной реформы составляли четкая специализация труда и единоличная ответственность.
К 1914 г. Морское министерство имело следующую организацию. Во главе ведомства находился морской министр, одновременно являясь председателем Адмиралтейств-Совета, высшего законодательного учреждения морского ведомства и совещательного органа при морском министре. Морской министр нес ответственность только перед императором Министру непосредственно подчинялись МГШ, ГМШ, Морской ученый комитет, Морской строительный комитет, Главное гидрографическое управление (с подведомственной ему библиотекой Морского министерства), Главное военно-морское судное управление, Управление санитарной частью флота, канцелярия, типография, архив и телеграф Морского министерства. На товарища (заместителя) морского министра, должность которого была утверждена в январе 1906 г., замыкалось Главное управление кораблестроения с подведомственным ему Морским музеем (с начала 1917 г.) и Опытовым судостроительным бассейном, а также Главное морское хозяйственное управление (которому подчинялось Управление Морской строительной части) и заводы Морского ведомства.