Высшим органом военно-судебной части морского ведомства являлся Главный военно-морской суд, функции канцелярии и ведение делопроизводства которого выполняло Главное военно-морское судное управление.
Высшим оперативно-стратегическим органом управления флотом был МГШ. В него входили: 1-я оперативная часть (Балтийское и северные моря), 2-я оперативная часть (Черное и южные моря), 3-я оперативная часть (Тихий океан и восточные моря), Организационно-тактическая часть, Статистическая часть, Военно-морская историческая часть и Канцелярия. Органом, непосредственно осуществляющим управление флотом, являлся ГМШ. Он состоял из пяти отделов: личного состава, учебного, распорядительной, строевой и мобилизационной частей. При ГМШ действовал Морской учебный комитет. Для решения вопросов, связанных с работой гражданского персонала Морского министерства, было организовано Управление по делам рабочих и служащих.
Дальнейшие изменения, касающиеся организации управления флотом, произошли уже в ходе Первой мировой войны. Части МГШ были переименованы в отделения, при этом к ранее существовавшим добавились три новых — подводного плавания, воздухоплавательное и служба тыла. Начальник МГШ с 1915 г. стал первым помощником морского министра.
Для более четкого взаимодействия между флотом и сухопутными вооруженными силами, в разрабатывавшемся накануне войны «Положении о полевом управлении войск в военное время» предусматривалась организация военно-морских управлений при штабе Верховного Главнокомандующего и штабах отдельных армий. В их ведении находились оперативно-распорядительные функции: обобщение данных о боевых действиях своих флотов, сбор и изучение информации о флоте противника, разработка оперативных директив. Такое управление было сформировано при штабе 6-й отдельной армии. В задачу данного учреждения входила координация действий флота и сухопутных сил в районе Балтийского моря. С началом войны Балтийский флот поступил в подчинение командующему этой армией. С 1915 г. Балтийский флот перешел в подчинение штаба Северного фронта, где было образовано Военно-морское управление, а Черноморский флот остался в подчинении Ставки Верховного Главнокомандующего.
25 января 1916 г. было объявлено положение о создании в Морском штабе Ставки Верховного Главнокомандующего, задачей которого определялась координация действий морского и сухопутного генеральных штабов. Начальник МГШ вице-адмирал А.И. Русин стал одновременно и начальником Морского штаба Ставки. Новый орган должен был выполнять оперативно-распорядительные задачи «