В декабре 1918 г. группа морских офицеров во главе со старшим лейтенантом А.П. Ваксмутом отправилась из Новороссийска в Севастополь с целью получить в распоряжение Добровольческой армии хотя бы один корабль из числа тех, что достались Украине. Миссия закончилась провалом, т. к. не получила поддержки ни в штабе украинского флота, ни у командующего русским Черноморским флотом адмирала В.А. Канина (впрочем, последний занимал свою высокую должность скорее номинально).
В итоге флот пришлось создавать из того, что находилось под рукой. В Новороссийском порту реквизировали и вооружили 75-мм орудиями ледокол «Полезный». Этот корабль, а также канонерская лодка «К-15», вооруженная в марте 1919 г. в Севастополе, и приходившая оттуда же подводная лодка «Тюлень» были первыми кораблями белого флота на Черном море. Зимой 1918 — весной 1919 г. корабли участвовали в поддержке войск в районе Арабатской стрелки и Ак-Манайской позиции. Помимо этого некоторые торговые суда осуществляли транспортные перевозки для нужд армии.
В начале 1919 г. командование ВСЮР произвело реорганизацию системы управления флотом. 15 января было утверждено «Временное положение об управлении Флотом и Морским ведомством», согласно которому руководство всеми морскими частями, находящимися на Черном, Азовском и Каспийском морях, осуществлялось командующим флотом Юга России, имевшим права морского министра. 21 марта должность командующего упразднили, организовав вместо нее морское управление ВСЮР. Его начальник получил права морского министра, подчинялся непосредственно главнокомандующему и входил в состав Особого совещания при нем. Вновь должность комфлота была восстановлена 20 августа того же 1919 г. К командующему вновь перешла вся полнота власти, а функции морского управления несколько сузились. Окончательно его реорганизовали в марте 1920 г., и в дальнейшем, вплоть до эвакуации, управление решало проблемы технического и хозяйственного обеспечения белого флота.
Весной 1919 г. началось активное наступление частей Красной армии на южном направлении. Оказался под угрозой и Севастополь. В итоге белому командованию и союзникам пришлось организовать эвакуацию кораблей и имущества, находившегося в Севастополе и в других черноморских портах, в Новороссийск. Во время эвакуации представители Антанты уничтожили немало русского имущества. В частности, около Севастополя они затопили 11 подводных лодок (из них семь новейших) и разрушили гидро-авиационную базу, а из-за царившего при эвакуации хаоса многие предметы снабжения, жизненно необходимые белому флоту, достались противнику.