В дальнейшем боевики широко применяли карательные акции против мирных жителей, отказывающих им в поддержке. Боевики также активно использовали в качестве прикрытия детские сады, школы и больницы, в которых размещали свои боевые позиции.
Андрей, русский (“Белая книга”, 1995): “Провокации — их душевное состояние. Вот пример. По-моему, с 28 на 29 декабря группа наемников-руховцев с двумя танками подошла к селу Старая Сунжа. Местные жители потребовали от них убраться. Те отошли к лесу и обстреляли село. А все потом свалили на российскую армию. И дудаевцы делают то же самое. Ни для кого уже не секрет: ставят танки или орудия у жилых домов, детских садов, открывают огонь, а когда российская армия отвечает, сами уходят, а ее обвиняют в обстреле мирных жителей”.
В боевых действиях и при выполнении задач военного назначения боевики широко использовали несовершеннолетних. Прапорщик Эдуард Шахбазов (74-й мотострелковая бригада) свидетельствует: “31 января я сидел в засаде, когда увидел бегущего к нам низкорослого чеченца. Взвел курок автомата, прицелился. Но присмотревшись, увидел: совсем мальчишка. Невольно опустил автомат. До нашей БМП ему оставалось метров пятнадцать, когда раздался крик "Аллах Акбар!" и щелкнул выстрел чеченского снайпера. Оказалось, мальчик был весь обвешан пластитом, вязким взрывчатым веществом, по своей разрушительной силе во много раз мощнее тротила. От удара пули на спине парня сработал детонатор. Его разорвало на куски. При этом ранило трех моих солдат и повредило нашу БМП. Взрывной волной меня свалило на землю. Вскочив, я увидел еще около десятка подростков, бегущих к нашим машинам, таких же "живых снарядов"”.
Бандформирования практиковали массовые бессудные расстрелы мирных жителей. Так, в течение ноября-декабря 1995 г. только в Грозном было совершено около 10 групповых убийств рабочих и строителей, прибывших в Чечню на восстановительные работы. (“Век”, № 46 1995). Также под предлогом захвата тайных агентов российских спецслужб неоднократно происходили похищения строителей и участников восстановительных работ. Случайно спасшиеся или освобожденные рассказывали о том, как в плену их морили голодом, не давали воды, избивали палками и вынуждали к непосильной работе. Возвращавшиеся из чеченского плена становились калеками, их психическое здоровье было подорвано.
С возобновлением боевых действий не территории Чечни, бандформирования снова и снова возвращались к карательной практике против мирного населения.
10 октября 1999 около 40 жителей селения Верхний Наур погибли и получили ранения в результате минометного обстрела боевиками полевого командира М.Межидова за требования покинуть их село. Аналогично действовал и другой отряд боевиков, выпустив 15 мин по поселку Озерная. Среди жителей есть раненые.