12 октября 1999 за требование покинуть населенные пункты сепаратистами расстреляно 32 человека из числа местных жителей.
18 октября 1999 в станице Знаменская боевиками “за содействие федеральным силам” расстреляно более 40 человек. По тем же мотивам были расстреляны глава Надтеречного района Ш.Лабазанов и группа старейшин из станицы Ищерская.
Антирусская истерия, пропаганда мести мирным жителям за нанесенные боевикам поражения со стороны российской армии привели к чудовищному преступлению. 7 октября 1999 житель станицы Чернокозово Ибрагимов расстрелял 42 русских жителя и 5 чеченцев этой станицы и станицы Мекенская. Несколькими днями раньше он зарезал семью Алленовых в станице Алпатово. Чеченцы, жители деревни осуществили самосуд, забив Ибрагимова на центральной площади железными прутьями до смерти.
В марте 2000 в ходе контр-террористической операции в Ножай-Юрте был обнаружен архив так называемого министерства шариатской госбезопасности Ичкерии /МШГБ/. Архив состоит из нескольких тысяч печатных листов, среди которых обнаружены и материалы так называемых аттестационных комиссий МШГБ. В них содержатся подробные сведения о том, где, когда и сколько тот или иной соискатель вакансии в МШГБ убил, ограбил, изнасиловал или совершил какое-либо другое преступление в отношении русских или людей других национальностей. Как свидетельствуют материалы аттестационных комиссий, подобные факты служили доказательством лояльности претендентов на ту или иную должность и являлись решающими для назначения. Обнаружены также наградные листы, в которых описаны «подвиги» лиц, отмеченных "наградами Ичкерии".
Преступления против гражданских лиц были повсеместной практикой чеченских бандформирований. Захваты заложников, бессудные расправы и убийства, карательные акции, использование гражданских объектов и людей в качестве “живого щита” — те меры, которыми бандиты стремились достичь преимущества перед российскими войсками.
Преступления против военнослужащих: пытки и казни
Жестокое отношение к попавшим в плен к боевикам военнослужащим стало одним их характерных признаков военных действий, ведущихся в Чечни в 1994–1996 и 1999–2000.
Свидетельства очевидцев таковы (по книге "Чеченская трагедия. Кто виноват."):
“После неудачной новогодней атаки в районе Нефтянки, окраины Грозного, в руки дудаевцев попали две БМП с семью бойцами. Троих раненых тут же положили на землю, облили бензином и подожгли. Затем на глазах онемевших от этого дикого зрелища горожан боевики раздели догола оставшихся четырех солдат, подвесили их за ноги. Потом стали методично отрезать им уши, выкалывать глаза, вспарывать животы.