После того как в последний день 1170 г. королю сообщили об убийстве Томаса Бекета, он несколько дней оставался недвижимым в своей комнате и не принимал никакой пищи.
Окружающие начали, в конце концов, опасаться за его жизнь; епископ Лизье, Арнульф, архиепископ Руанский тщетно пытались хоть как-то его утешить. Тем не менее, выйдя из затворничества, Генрих явно прежде всего позаботился о том, чтобы оправдаться или, по крайней мере, смягчить свою вину: он написал письмо капитулу Кентерберийского собора, заявив в нем, что не желал этого убийства и не чувствует себя виновным. С другой стороны, он дважды направлял посольства к папе: одно — для того, чтобы снять со своей души это убийство, которое весь мир в один голос ему приписывал, другое — с целью добиться отпущения грехов епископам, которые помогали ему в борьбе против Томаса, среди них были Роже де Пон-л'Эвек, архиепископ Йоркский, и Жильбер Фолиот, епископ Лондонский. Затем Генрих уехал в Ирландию. Он чувствовал потребность отдалиться от событий на некоторое расстояние.
А события развивались своим неумолимым чередом. Через несколько дней после смерти Томаса на его могиле в Кентербери начали твориться чудеса, которые тотчас приписали мученику. Происходили различные исцеления: слепой вновь обрел зрение, хромая женщина снова начала ходить… Паломники толпой устремились к оскверненному собору, где почти год не было ни одного богослужения. И все же около Пасхи папа Александр III официально отлучил от церкви убийц и их сообщников. Интердикт распространялся на английские земли. Генриху II был воспрещен вход в церкви. Папа сказал, что в момент, когда архиепископу была нанесена смертельная рана, ему было послано видение: он увидел Томаса совершающим богослужение, и внезапно его ряса окрасилась кровью.
Генрих был прощен и возвращен в лоно церкви лишь после того, как торжественно принес покаяние в Авранше в присутствии своего сына, Молодого короля, нормандского духовенства, при большом стечении баронов и простого народа. 21 мая 1172 г., поклявшись на Евангелии в том, что он не приказывал убить архиепископа и не желал его смерти, он опустился на колени на ступенях церкви и подставил обнаженную спину монахам для бичевания. Кроме того, Генрих поклялся восстановить во всем прежнем достоинстве кентерберийскую церковь, отречься от Кларендонских постановлений, из-за которых велась борьба между ним И его бывшим канцлером, и наконец, поститься и творить милостыню, а также, в знак покаяния, снарядить двести рыцарей для защиты Иерусалима.