У военно-морского руководства все же появились опасения из-за возможной путаницы ввиду получившей известность английской операции по постановке мин; разрешение на вывеску английского флага было отменено во второй половине дня 8 апреля, то есть в последний момент. В отношении ожидавшегося после высадки на берег контрудара союзников необходимо быть по возможности более сильными в пунктах высадки. Поэтому от военно-морского флота требовалось также сконцентрироваться на немногих пунктах на побережье. Если при высадке оказывалось сопротивление, то задача военных кораблей была в том, чтобы сломить его. Тем не менее корабли не могли оказать постоянную огневую защиту армейским частям. Из-за этого возникло значительное расхождение во мнениях между армией и военно-морским флотом, которое длилось весь март, однако в конце концов было разрешено в пользу военно-морского флота. После обсуждения, состоявшегося между тремя главнокомандующими 5 марта у Гитлера, фюрер постановил: в соответствии с требованиями Геринга об эффективной противовоздушной обороне, по крайней мере, в Тронхейме оставить тяжелые части военно-морского флота. 28 марта Гитлер даже потребовал, чтобы в Нарвике, Тронхейме и Осло военные корабли остались также после высадки на берег, так как их немедленный отход оказал бы негативное впечатление на оставшиеся на суше воинские части. Это означало бы, что самая большая часть немецкого флота осталась бы в Норвегии, кроме того, в гаванях, которые не могли ни в коем случае пока еще считаться базами.
На следующий день главнокомандующий военно-морским флотом обещал проверить, мог ли Тронхейм сразу после захвата быть оборудован как база. От пребывания военных кораблей в Нарвике тем не менее отказались. 2 апреля Гитлер отклонил повторную атаку главнокомандующего люфтваффе с замечанием, что он порицает также немедленный обратный выход военных кораблей, но не хотел бы, однако, «вмешиваться слишком откровенно в дела чисто морской войны». Тем самым руководители ВМС осуществили свои принципы, которые немедленно, а также с полным правом, вошли как принцип руководства в общий приказ на проведение операции: «Сохранение собственных сил важно для последующего использования достигнутой цели этой операции». Поэтому необходимо было по возможности избегать боевых действий на пути туда и обратно. Особой проблемой должно было быть постоянное снабжение по морю, которое полностью могло наступать только тогда, когда войска высаживались и, следовательно, момент внезапности отпадал. Нужно было предвидеть, что противник предпримет все усилия, чтобы препятствовать движению последующих транспортов, для этого у него вполне имелись силы.