Литургию служил архимандрит в соборе с другим духовенством. Во время ектений в храм ворвалась партия красноармейцев. Один из них вбежал на амвон и с криком: "Довольно вам молиться, целую ночь топчетесь, долой из церкви" -- повернул назад за плечи провозгласившего ектению иеродиакона. По усиленным просьбам архимандрита и братии дано было позволение окончить литургию. Но красноармейцы не покинули храма. Во время пения херувимской песни они входили к престолу и продолжали осмотр сапог молящихся. Братия, ожидая дальнейших страданий и даже смерти, причастилась Св. Тайне. К концу обедни в храм ворвалась новая банда красноармейцев. Один из банды, держа в руках ножницы, крикнул: "Стой, ни с места, подходи по очереди, буду стричь всех" -- и немедленно отрезал волосы одному из монахов. Монахи пытались бежать. Другой красноармеец вбежал в алтарь, открыл царские двери и, стоя в них, закричал: "Не выходи, стрелять буду". Одновременно красноармейцами производились грабежи, кощунства и издевательства во всех помещениях монастыря. В квартире архимандрита красноармейцы спали, укрываясь епитрахилью, в помещении казначея искололи портреты иерархов русской Церкви. Издевательства и насилия продолжались повсюду. Нескольким монахам остригли волосы и бороды, побоями заставляли плясать, курить и даже пить чернила. Утром, когда вновь началась обедня, красноармейцы не допустили богослужения. Ворвавшаяся шайка набросилась на священнослужителей и стала вытаскивать их в ризах из храма, но, уступая просьбам священников, позволила им разоблачиться. Затем все во главе с архимандритом были выведены из храма. С архимандрита сняли сапоги, дав ему какие-то опорки, и, несмотря на мороз, выстроили всех в ряды перед храмом. Началось сопровождаемое побоями и непристойной бранью издевательское обучение монахов маршировке и военным приемам.
В это время в соседнем храме кощунствовала другая шайка красноармейцев. Один из них, надев ризу и митру, сел на престол и перелистывал Евангелие, а другие, тоже в ризах, кощунственно представляли богослужение, то открывая, то закрывая царские двери на потеху своим единомышленникам. Храм был осквернен испражнениями у свечного ящика. Камни и образки с митр и икон -все было похищено. Все награбленное было вывезено из монастыря на 38 подводах. В это же время были ограблены поголовно все монахи "больничного хутора", расположенного рядом с монастырем.
Во время управления большевиков по распоряжению Изюмского исполкома на Богородичанскую волость была наложена контрибуция в размере 80 или 85 тысяч. Богородичанский исполком потребовал в счет этой контрибуции 50 тысяч с монастыря. Братия собрала для уплаты этой контрибуции 10 тысяч рублей, а 5 тысяч было уплачено из монастырских сумм.