Тесная связь криминалистической теории и методологии не является основанием для их смешения или отождествления. Теория представляет результат научного познания объекта действительности и выражается в установленных наукой закономерностях развития, движения объекта. Методология же исследует основанную на ранее установленных наукой закономерностях систему приемов познания и практического освоения действительности. Таким образом, методология основывается на теории, а теория обслуживает методологию, их различие имеет функциональный характер.
В методологии криминалистики существенно различать методологию научной и методологию практической деятельности. Методология научной деятельности – система методов научного познания закономерностей преступной деятельности и выработки на этой основе методик и алгоритмов решения криминалистических задач. Это сфера деятельности ученых-криминалистов, а также специальных исследовательских центров, изучающих и обобщающих практику раскрытия и расследования преступлений. Методология практической деятельности – система приемов, способов и операций раскрытия и расследования конкретного преступления или приемов установления любого другого юридического факта. Это сфера деятельности следователей, сотрудников оперативно-розыскных служб, судебных экспертов, прокуроров, судей и других лиц, участвующих в осуществлении функции раскрытия и расследования преступлений.
Задачи и результаты этих видов деятельности различны. В первом случае это – закономерности преступной деятельности, представленные в ее типовых информационных моделях и типовые методики их раскрытия и расследования. Во втором – это истина конкретного факта, представленная в форме материалов раскрытого и расследованного уголовного дела.
Закономерности, являющиеся предметом криминалистики, представлены в массовых событиях и явлениях. Для их изучения используют методы массовых наблюдений, построения гипотез, статистических обобщений с применением корреляционного и иных методов вероятностно-статистического анализа. При этом широко используются специально приспособленные методы социологии, психологии, кибернетики, физики, химии, биологии и других наук. В ходе практического расследования методы науки приспосабливаются к задаче установления конкретных фактических данных. Так, методом научного анализа причинности является гипотеза, которая в практическом расследовании трансформируется в метод следственных версий. Он сочетается с планированием и производством соответствующих процессуальных действий: следственных осмотров, экспериментов, проверки показаний на месте и др. Наука криминалистики разрабатывает алгоритмы следственных и экспертных действий применительно к типовым ситуациям расследования и экспертизы. Практическая криминалистика, используя созданный наукой банк алгоритмов, выбирает тот алгоритм или ту комбинацию алгоритмов, которая в максимальной степени способствует условиям и обстоятельствам данного конкретного расследования. В случаях, когда существующие методики не позволяют решить практическую задачу, следователь или эксперт решают ее эвристическими методами. Использованная в ходе такого исследования методика в случае повторения соответствующих следственных или экспертных ситуаций может послужить основой для выработки новой типовой методики. Эта задача решается на основе обобщения следственной и экспертной практики.