Методы практической криминалистики не следует смешивать с методами собственно следственной и экспертной деятельности. Эти последние по своему содержанию значительно шире, так как в них реализуются приемы и рекомендации не только криминалистики, но и многих других наук: судебной медицины, психологии, бухгалтерии и других естественных и технических наук.
В системе криминалистического знания методология выделилась на сравнительно поздних стадиях его развития и явилась важнейшим показателем зрелости этой науки.
На первоначальном эмпирическом этапе развития криминалистики осуществлялось формирование систем методов практической деятельности. Приемы работы сыщиков, детективов, полицейских, судебных следователей с самого начала должны были строиться с учетом структуры и закономерностей преступной деятельности и поведения преступников. Развитие и совершенствование этих приемов достигались посредством все более глубокого изучения и учета указанных закономерностей. Так, на смену приемам опознавания преступников но случайным признакам (так называемые идентификационные парады) пришли системы регистрации и идентификации, основанные на установленных антропометрией, гистологией и остеологией устойчивых и индивидуальных свойствах человека.
Наиболее эффективные приемы, проверенные практикой, закреплялись, анализировались и систематизировались учеными и переходили в разряд научных рекомендаций и методов. Образцом такой систематизации явился труд австрийского судебного следователя Ганса Гросса.
Собственно учение о методе, характеризующее теоретический этап развития криминалистики, формируется на более поздних стадиях. Инструментарий познавательной деятельности криминалиста выступает на этой стадии в качестве самостоятельного предмета научного исследования. При этом эффективность метода оценивается не в контексте результатов расследования конкретного преступления, а в контексте решения типовой криминалистической задачи, например, эффективность лазерного микроспектрального анализа при исследовании изымаемых с мест преступлений микроколичеств вещества; эффективность полиграфа для диагностики виновной осведомленности и т.п. Это обязывает методологов, криминалистики произвести «инвентаризацию» методов, сопоставив их с методами «большой» науки, дать их классификацию, исследовать их законность, эффективность, экономичность. Если ранее криминалистика в основном регистрировала, описывала используемые на практике методы следователей и экспертов, то на методологическом уровне развития науки возникла задача прогнозирования и проектирования новых методов, в том числе с использованием самых современных средств формализации, моделирования, математических и компьютерных технологий.